종교단체법은 일본 정부가 종교단체를 통제할 목적으로 1939년 제정 공포한 법률이다. 종교단체의 통제를 목적으로 일본 정부는 1939년 1월 37조로 된 종교단체법안을 제74회 제국의회에 제출하였다. 1939년 4월 8일 법률 제77호로 종교단체법이 공포되었다. 교단의 설립을 위해서는 문부대신에게 허가를 받아야 했다.(제3조) 주무대신은 공익을 해할 만한 행위를 한 종교단체는 허가를 취소할 수 있도록 규정하였다.(17조) 1940년 6월 문부성은 종교단체법에 따라 교회수 50, 신도수 5,000명 이상이 못 되면 교단으로 인정할 수 없다고 성명을 발표했다.
일본 정부는 종교단체를 통제하기 위하여 1899년부터 수차례 제국의회에 종교 법안을 제출하였지만, 반대에 부딪혀 부결되었다. 1937년 7월 중일전쟁 도발로 각 분야의 국가통제를 강화하면서 1939년 1월 제국의회에 종교단체법안을 제출, 통과되어 같은 해 4월 공포하였다.
일본 정부는 1899년 종교단체의 통제를 목적으로 53조로 된 종교 법안을 제14회 제국의회에 제출하였으나 반대에 부딪혀 폐기되었다. 1927년에도 103조로 구성된 종교법안을 제52회 제국의회에 제출하였으나 재차 부결되었다. 1929년 종교단체법안이라는 이름으로 99조로 된 법안을 제56회 제국의회에 제출했으나 이 역시 논란 끝에 심의를 완료하지 못하고 폐기되었다.
이후 중일전쟁의 장기화로 일본이 전시체제에 들어가자 히라누마[平沼] 내각에서 1939년 1월 37조로 된 종교단체법안을 제74회 제국의회에 제출하여 2월 18일 귀족원에서 통과되고, 3월 23일 중의원에서 통과되어 4월 8일 법률 제77호로 공포하였다. 이 법률은 신도, 불교, 기독교, 기타 종교단체와 결사의 통제를 목적으로 하여 교단의 설립은 문부대신의 인가를 필요로 하고(제3조), 그 종교행위가 안녕과 질서를 방해하거나 또는 신민의 의무에 거슬릴 때는 인가를 취소할 수 있도록 하고 있다(제16조). 그리고 종교단체 또는 그 기관의 재직자가 법령 또는 교규 · 종제 · 교단규칙 · 사원규칙 또는 교회규칙에 위반하며 기타 공익을 해할 만한 행위를 행한 때는 주무대신은 이를 취소, 정지, 금지 또는 기관에 재직자의 개임(改任)을 명할 수 있고, 교사가 법령을 위반하거나 공익을 해할 만한 행위를 행한 때는 주무대신이 그 업무를 정지할 수 있도록 규정하고 있다(제17조).
일본 기독교계는 이 법률에 종교단체로서 '기독교'라는 이름이 처음 포함된 것을 환영했고 법안에 대한 비판적 견해는 거의 제시하지 않았다. 1939년 12월 23일 칙령으로 종교단체법 시행령이 공포되어 1940년 4월 1일 시행되었다. 1940년 1월 문부성령으로 시행세칙이 발령되었다. 1940년 6월 문부성 종교국장은 교회수 50, 신도수 5,000명 이상이 못 되면 교단으로 인정할 수 없다고 성명을 발표하고 각 교파의 합동을 종용하였다. 가톨릭은 1941년 5월 3일 일본천주공교교단으로 설립인가를 받고, 개신교 각파는 1941년 6월 일본기독교단으로 합동하여 같은 해 11월 24일 인가받았다.
당시 일본 식민지하에 있던 한국에서도 종교계만이 아니라 일반인들도 일본에서의 종교단체법 시행에 대해 관심을 갖고 있었지만 한국에서는 채택되지 않았다.
메이지유신 초기부터 제정일치의 천황제국가를 지향했던 일본정부는 이를 뒷받침하는 국가신도체제 하에서 종교통제가 현안의 과제였다. 그러나 정부의 종교통제는 신앙의 자유를 침해할 수 있으므로 그 반대도 심하여 1899년 이래 여러 차례 법안제정을 시도하였으나, 번번이 실패하였다. 그러다가 전시체제로 모든 분야에서 국가통제가 강화되던 1939년에야 이 법령을 제정 공포하고 이를 통하여 종교단체의 통폐합과 전쟁협력을 강요하였다. 이 법률은 당연히 식민지 조선에도 적용될 것으로 예상되었으나 조선에는 이미 1915년 8월에 공포되어 시행되던 포교규칙이 있어 이것만으로도 종교단체를 충분히 통제하고 있었기 때문에 종교단체법이 적용되지는 않았다.