어염선세는 각각의 세목마다 그 징수 규정을 달리하였다. 어세(漁稅)는 어전(漁箭)의 크기에 따라 세액(稅額)이 결정되었는데, 『경국대전』에서는 어전을 대 · 중 · 소로 구분하여 대어전(大漁箭)은 물고기 300미(尾), 중어전(中漁箭)은 150미, 소어전(小漁箭)은 75미를 납부하도록 규정하였다. 선세(船稅)는 어선(漁船)의 크기에 따라 대선(大船) · 중선(中船) · 소선(小船) · 소소선(小小船) 등 4종류로 구분하여 대선은 포목(布木) 3필(匹), 중선은 2필, 소선은 1필, 소소선은 반 필을 납부하도록 규정하였다. 염세(鹽稅)는 각 도(道)의 염분(鹽盆)을 여러 등급으로 나누어 대장을 작성하여 호조와 본도(本道) 및 본읍(本邑)에 비치하고, 염분이 멀리 떨어져 있는 고을에는 염창(鹽倉)을 설치하여 생산된 소금을 저장하게 하였다. 저장한 소금은 곡물이나 직물과 바꾸어서 군자(軍資)에 보충하며, 경기 · 충청 · 황해도에서 세금으로 납부하는 소금은 사재감(司宰監)에 먼저 상납하고, 남는 것을 군자감(軍資監)과 염창에 나누어 수송하도록 규정하였다.
조선 초기 마련된 어염선세 규정은 이후 많은 변화를 겪게 되었다. 어장과 염장은 본래 국유제를 원칙으로 하였으나, 점차 궁방(宮房)과 공신(功臣)에게 절급되기 시작하면서 사적으로 점유되었다. 사적으로 점유된 어장과 염장은 수세권이 그 소유주에게 있었기 때문에 사실상 면세 대상이었다. 17세기 이후 어염에 대한 절수가 더욱 심해지면서 정부의 재정 수입은 큰 타격을 받게 되었다.
조선 정부는 17세기 후반부터 본격적으로 어염에 대한 절수와 면세를 규제하기 시작하였다. 어장 · 어전 · 염분 · 선박 등을 궁방에서 미리 점유하고 수세하는 것을 금지하고 반드시 정부의 절수 절차를 거치게 하였으며, 절수 절차와 규정도 대폭 강화하였다. 또한 수세 규정도 정비하여 『속대전』에 수록하였다. 어세의 경우 『경국대전』과 같은 수량의 물고기를 납부하게 하였으나, 진어(眞魚) 25미(尾)를 무명 1필로 바꿔 낼 수 있도록 추가 규정을 마련하였다. 선세도 납부하는 필수(匹數)는 동일하였지만, 배의 크기에 따라 납부하는 포목의 너비와 길이를 달리 규정하였다. 또한 전라도의 경우 중선(中船)은 쌀 1석, 소선(小船)은 반 석, 소소선(小小船)은 1/4석 등으로 규정하여 곡물로 납부할 수 있게 하였으며, 강원도는 완선(完船)과 반파선(半破船)으로 구분하여 대구어(大口魚)로 납부하도록 규정하였다. 또한 대구어는 상황에 따라 10미(尾) 당 마포(麻布) 1필로 바꿔 낼 수 있도록 조치하였다. 염세(鹽稅)는 매 염분(鹽盆)마다 소금 4석씩 내는 것이 원칙이었으나, 경상도와 강원도 지역의 영세한 염장의 경우는 소금 2석을 납부하도록 규정하였다. 또한 경상도는 소금 1석을 대신하여 포(布) 1필 반이나 동전으로 바꿔 낼 수 있도록 하였다.
어염선세는 조선왕조의 재정 수입에서 중요한 위상을 점하고 있었다. 17세기 이후 궁방 절수와 사점(私占)으로 어염선세 수입이 감소하자, 조선 정부는 각종 규제를 강화하여 어염선세를 다시 국고(國庫)로 환수하려 노력하였다. 그럼에도 불구하고 어염선세는 17세기 이래로 궁방과 각급 아문의 주요한 재정 수입원이 되었다. 각 기관들의 개별적인 수세(收稅)로 인해 해당 백성들이 피해를 보자, 호조가 수세를 대행하는 관수관급의 형태로 전환되기도 하였지만 현실적으로 제대로 시행되지는 못하였다. 어염선세는 다른 공식적인 부세에 비해 정부 수입에서 차지하는 비중은 높지는 않았지만 여러 정부 기관의 재정 수입원이었다. 특히 균역법(均役法) 시행으로 일반 양인(良人)들의 군포(軍布) 납부 액수를 2필에서 1필로 감면하면서, 반감된 재정 수입원을 보충하는 하나의 수단으로 어염선세를 국고로 환수하여 활용하였다. 따라서 어염선세는 조선 후기 정부의 정책과 재정 변화를 이해하는 데 중요한 단서를 제공하는 것이라고 할 수 있다.