대한불교조계종 제8교구 본사인 직지사(直指寺)의 말사이다. 창건연대 및 창건자는 미상이나, 조선 중기 이전까지는 자연동굴을 이용한 법당을 갖춘 납석사(納石寺)가 있었으며, 그 뒤 폐허화되었던 것을 최근에 석굴 아래쪽에 새로 대웅전과 요사채를 신축하고 절 이름을 문수사라 개칭하였다.
원래 석굴 입구에는 석탑 1기가 있었으나 일제강점기 말기에 도굴꾼에 의하여 도괴되었으며, 현재 조각이 새겨진 탑신부의 일부만이 남아 있다. 또, 천연동굴 입구에는 사자암(獅子庵)이라는 문수사의 수도처가 있다. 이곳에는 창건 당시에 문경 대승사(大乘寺)에서 옮겨온 불상을 비롯하여 4폭의 탱화가 봉안되어 있다.
3폭의 탱화는 연대를 알 수 없으나, 뒷벽에 걸려 있는 산신탱화(山神幀畫)는 “대청동치 12년 계유 6월일 동학사 미타암(大淸同治十二年癸酉六月日東鶴寺彌陀庵)”이라는 탱화 조성 기록이 있다. 동치 12년은 1873년(고종 10)으로 100년이 넘은 작품이며, 우리나라에 남아 있는 산신탱화 중 연대가 오래된 귀중한 작품이다.