대한불교조계종 제17교구 본사인 금산사(金山寺)의 산내암자이다. 신라시대에 금산사를 창건한 진표율사(眞表律師)가 수도처로서 창건하였다.
그 뒤 임진왜란 때 소실된 것을 1636년(인조 14)에 수문(守文)이 중건하였으며, 호남 굴지의 수도도량으로 이름을 떨쳤다고 한다. 1849년(헌종 15)에는 금산사 심원암 삼층석탑(보물, 1963년 지정)이 있는 옛 절터에서 지금의 자리로 이전, 중창하여 오늘에 이르고 있다. 현재 비구니의 수도처로 사용되고 있다.
현존하는 당우로는 정면 7칸의 一자형 인법당(因法堂)과 최근에 세운 요사채가 있다. 1963년 보물로 지정된 금산사 심원암 삼층석탑은 이 절의 유일한 문화유산으로, 탑돌이를 하면서 기도하면 반드시 소원 성취한다고 하여 전국의 신도들이 찾고 있으며, 한때 별도의 객사를 따로 건립하였다고 한다.