본집 3권 3책, 부록 2권 1책, 합 5권 4책. 목활자본. 1688년(숙종 14) 나만성(羅晩成) 등이 편집, 간행하였다. 권두에 허목(許穆)의 서문이 있고, 권말에 나만성의 발문이 있다. 성균관대학교 도서관에 있다.
권1·2에 논학(論學) 95편, 논의(論義) 3편, 논례(論禮) 9편, 논리(論理) 19편, 서(序) 2편, 기 1편, 요목(要目) 7편, 문(文) 5편, 시 15수, 권3에 소 7편, 제문 2편, 일기 1편, 서(書) 81편, 공사(供辭) 1편, 부록 권1에 세계도 1편, 연보 1편, 권2에 행장·묘표 각 1편 등이 수록되어 있다.
서(書)를 비롯하여 논학·논의·논례·논리 등에는 심성·이기의 성리학과 예학에 관한 것들이 많아 학문의 심도를 추측하게 한다.
논학에는 「선악개천리설(善惡皆天理說)」·「선소악다설(善少惡多說)」·「논범성심지(論凡聖心地)」 등이 주목된다. 특히, 그가 스승 박순(朴淳)에 대한 절의문제로 논란이 있었던 점에 비추어볼 때, 「자각고저박사암서(自覺告諸朴思菴書)」가 관심을 끈다.
논리 가운데 「사단칠정론(四端七情論)」은 사단·칠정을 이기와 선악으로 분설(分說), 구체적인 예를 들어 논변하고 있는데, 사단도 중절(中節)을 하지 못하면 불선이 되고, 칠정도 중절을 하면 선이 된다고 하여, 사단칠정이 중절·불중절에 의하여 선·불선이 된다고 함으로써 존양성찰(存養省察)을 강조하였다.