1948년 7월 17일 제정된 <정부조직법>에 따라 농림부가 설치되었으며, 1965년 4월 29일 연초업무를 재무부로 이관하였고, 1966년 2월 28일 수산청이 신설됨으로써 농림부 수산국이 폐지되었다.
1966년 10월 27일 산림청의 신설로 인하여 농림부 산림국이 폐지되었으며, 1973년 3월 28일 농림부를 농수산부로 개편하였다. 1986년 12월 20일 농림수산부로 개칭하면서 기구와 직제의 개편을 단행하였다.
농림수산부의 직제를 보면 다음과 같다. 장관·차관 각 1인이 있고, 제1 및 제2차관보(별정직) 2인이 있었다. 장관과 차관을 보좌하게 하기 위하여 차관 밑에 기획관리실을 두었고, 실장(관리관) 밑에 비상계획관(별정직)·기획예산담당관·행정관리담당·법무담당관이 있었다.
장관 밑에 공보관(이사관·부이사관 또는 별정직), 차관 밑에 이사관 또는 부이사관으로 보하는 감사관·농수산통계관 각 1인을 두었다.
그리고 감사관 밑에 감사·조사담당 서기관 2인, 농수산통계관 밑에 통계관리·농산통계·유통경제·수산통계담당 서기관 4인이 있다. 하부조직으로 총무과·농업정책국·농산국·농어촌개발국·농산물유통국·축산국 및 양정국을 두고 있었다.
1990년 3월 농업협력통상관을 차관직속으로 신설하고 국제협력담당 및 통상협력담당서기관을 두었고, 농업정책국을 농업구조정책국으로 개편하였다. 1991년 8월에 농업협력통상관 밑에 통상협력2담당서기관을 신설하고 공보담당관을 신설하였다.
1994년 12월 기획관리실장 밑에 투자심사담당관을 신설하고 농수산통계관을 농수산통계정보관으로 개편하였으며 농업구조정책국과 농산국 및 안정국을 통합하여 농산정책실을 신설하고 농산정책실에 농림기획심사관·식량정책심사관·농산정책심의관을 신설하였다. 농업협력통상관을 국제농업국으로 확대, 개편하였으며 농산물유통국을 유통정책국과 원예특작국으로 분리하였다.
농림수산부장관 소속하에 농촌진흥에 관한 사무를 관장하는 농촌진흥청, 산림에 관한 사무를 관장하는 산림청, 수산에 관한 사무를 관장하는 수산청을 두었다.
주요 업무를 기구별로 살펴보면, 농업정책국은 농정·농촌소득·농업기계·국제협력과 농업금융에 관한 사무를 수행하였다. 농산국은 미곡·전작·잠업·비료와 식물방역에 관한 사무를 수행한다.
농어촌개발국은 종합개발·농지·수리·개량조성·특정지역개발에 관한 사항을 관장한다. 농산물유통국은 유통·시장·채소·과수화훼에 관한 사무를, 축산국은 축정·대가축·중소가축·초지·사료·가축위생에 관한 사무를 관장한다.
그리고 양정국은 양정·양곡조사·양곡관리·보관수송 및 회계에 관한 사무를 관장한다. 이처럼 다양하고 방대한 농림수산부의 세부기능은 국립생사검사소·국립농산물검사소·농업공무원교육원·국립종축장·국립잠종장·국립종자공급소 및 국립식물검역소와 같은 소속기관을 통하여 수행되고 있다.
1996년 8월 8일 국제 해양질서의 급격한 변화와 21세기의 해양경쟁시대에 적극적으로 대비하기 위하여 <정부조직법> 개정에 따라 수산업무를 모두 신설된 해양수산부로 이관하고 그 명칭도 농림부로 개칭하였다. →농림부, 해양수산부