15세기 조선시대에 오늘날의 수산청과 일부나마 비슷한 일을 맡아 보던 기구로 호조(戶曹)가 있었다.
호조에서는 각 도의 어전(魚箭)과 염분(鹽盆)의 등급을 나누고, 대장을 만들어 호조와 각 도 및 고을에 비치하였다. 각 도의 모든 포구에서 관장하는 배는 기한이 차면 모두 처분하여 곡물로 바꾸었고, 각 도나 각 읍 포구의 어전에서 나오는 어물은 천신용(薦新用)과 상례에 의한 진상품을 제외하고는 곡물과 바꾸는 등의 수산에 관한 일을 담당하였다.
1894년 갑오경장의 중앙관제에서 농무아문 안에 수산국을 두어 어채(漁採)·선구·해산물의 번식·어개(魚介)의 개조 및 수산회사 등의 사무를 맡아보았다.
1948년 상공부 수산국에서 1961년 정부직제개편으로 농림부 수산국으로 변경되었다가, 1966년 수산청으로 격상되어 농수산부 외청으로 독립되었다가 1996년 국제해양질서의 급격한 변화로 정부조직개편이 이루어져 수산청과 그 소속기관 직제는 폐지되고 신설된 해양수산부로 통합되었다.
당시 차관급의 정무직 청장, 1급의 별정직 차장 1명이 있었고, 총무과·수산정책국·생산국 및 시설관리국, 공보담당관, 기획관리관·원양어업관·국제협력관·감사담당관 및 비상계획담당관을 두었다. 소속기관으로는 국립수산진흥원·국립수산물검사소·수산공무원교육원 등이 있었다.