1978년 3월 이기석(李紀奭)이 운영하는 학교법인 청운학원(靑雲學園)에서 2년제 대전보건전문학교로 설립하였다. 보건전문기술인의 양성을 목적으로 설립하여 초대교장에는 노병권(盧秉權)이 취임하였다. 설립 당시 임상병리과·방사선과·치기공과·치위생과·영양과를 설치하고 입학정원을 400명으로 하였으며, 같은 해 11월 방사선과·치기공과·치위생과에 입학정원 200명으로 된 야간부가 개설되었다. 1978년 대전보건전문대학으로 개편하고 이듬해 부속치과병원을 설립하였으며, 1980년 제1회 졸업생을 배출하였다.
1980년 의무행정과와 1981년 유아교육과·환경관리과·가정관리과·의류직물과, 1983년 영어과가 증설되었으며, 1984년 안경광학과가 신설되었다. 1995년 방송제작기술과가 설치되었으며, 1998년 대전보건대학으로 교명을 변경하였다. 1999년 2월 제 20회 학위수여식이 진행되었다. 2004년 2월 평생교육원을 인가받았으며, 2008년 10월 개교 30주년 기념식 및 행사가 있었다.
2012년 3월 대전보건대학이 대전보건대학교로 교명을 변경하였다.
2010년 현재 보건계열·간호계열·공업계열·영상정보계열·가정계열·사회실무계열·예능계열 등 7개 계열에 27개 학과가 설치되어 야간 513명을 포함하여 재학생 5,882명, 전임교원 150명이 있다. 부속기관으로는 도서관·정보기술원·학보·방송국·박물관·생활관·자원봉사센터가 설치되어 있으며, 부속교육기관으로는 평생교육원·언어교육원·교수학습지원센터 등이 있다. 음향기술연구소·치기공기술연구소·아동발달연구소·의과학연구소·영유아연구소·토양연구소·수중운동연구소 등 7개 부속연구소가 운영 중에 있다.
교육이념은 박애·근면·탐구이며, ‘사회에 봉사하는 미래지향적 인재, 국민보건향상과 지식정보사회를 선도할 전문직업인 육성, 지적욕구의 충족과 자아실현’ 등을 교육목표로 삼고 있다. 20여개 동아리를 중심으로 활발한 학생활동을 하고 있으며, 5월에 ‘청문축제’를 개최한다.