1974년 4월 30일 대한조정협회 요트부로 발족하여 활동하다가 1979년 3월 17일 서울특별시 무교동에서 요트 관계자들이 모여 협회를 창립하였다. 1979년 11월 9일 국제요트경기연맹(ITRU)에 가입하였으며 1982년 11월 28일에는 아시아요트연맹(AYF)에 회원국으로 가입하였다.
1981년 6월 23일에는 대한체육회의 산하 가맹단체가 되었고, 국내 및 국제 요트경기대회의 개최권을 가지며, 선수의 선발과 파견은 물론, 경기장 시설의 관리에 이르기까지 대한민국요트계의 총본산으로서의 구실을 수행하고 있다. 오랫동안 시설을 확보하지 못한 채 침체의 늪을 벗어나지 못하였다.
그 동안 옵티미스트딩기 세계선수권대회·오케이딩기 세계선수권대회·일본스나이프급 선수권대회(이상 1980년), 에스트니아국제 요트경기대회(1981년)·세계옵티미스트급 요트선수권대회, 제2회 아시아선수권대회(1983년), 레이저태평양선수권대회·스나이프급 전일본선수권대회(1984년) 등 각종 국제대회에 계속해서 참가하는 등 경기력의 향상을 위하여 노력하였다.
1985년 부산에 우리 나라에서는 최초의 정식 요트경기장이 개설되면서 같은 해 9월 개최된 제3회 아시아요트경기대회에서 4위로 부상하는 진전을 보였다. 1986년 서울아시아경기대회에서는 금 1개, 은 1개를 획득하였고, 1990년 베이징아시아경기대회에서는 금 1개, 은 1개, 동 1개, 1994년 히로시마아시아경기대회에서는 은 1개, 동 1개를 획득하였다.
현재는 경기력 향상뿐 아니라 국내 요트경기 보급에도 힘쓰고 있고, 이를 위하여 ≪즐거운 요트교실≫·≪요트튜닝≫·≪전술집≫·≪규정집≫ 등 각종 출판사업을 활발하게 전개하고 있다. 부산 수영만 요트경기장의 개설은 협회의 커다란 업적 가운데 하나이다.