1973년 7월홍재길(洪在吉)이 학교법인 동남학원을 설립하여 1974년 3월 18일 동남보건전문학교로 개교하였다. 초대 교장에 홍재길이 취임하였고, 임상병리과·방사선과·식품영양과를 편성하여 120명의 입학생으로 출발하였다.
이듬해 물리치료과와 식품가공과를 신설하고 입학정원을 280명으로 증원하였으며, 1976년 제1회 졸업생 106명을 배출하였다. 1976년 위생과를 신설하였고, 1979년 1월 동남보건전문대학으로 승격되어 초대 학장에 홍재길이 취임하였다.
1980년 유아교육과·환경관리과·간호과, 1981년에 치기공과·치위생과를 신설하고, 1983년 부속유치원을 개원하였다. 1986년 안경광학과를 개설하였고, 1998년 동남보건대학으로 교명을 변경하였다. 2007년 식품생명과학과·환경보건과·바이오환경과·안경광학과·항공관광영어과의 수업연한을 2년에서 3년으로 연장하였다.
2011년 동남보건대학에서 동남보건대학교로 교명을 변경하였다.
2009년 현재 21개 학과에 재학생은 4,545명, 전임교원은 111명이다. 부속기관으로 학술정보관·박물관·미디어센터·평생교육원 등이 있고, 부설연구기관에 보건과학연구소·인문사회과학연구소·산업기술연구소·중앙기기분석센터가 있다.
학훈은 ‘예의를 바르게, 학리(學理)에 밝고, 기술을 익히자’이다. 21세기 지식정보사회를 주도하고 고부가 가치를 창출할 수 있는 전문기술인 양성을 교육목적으로 하고 있다.
교육방침으로는 현장 중심의 교과과정, e-learning 활성화, 원격교육의 활성화, 학사학위 전공심화과정 운영, 산업체 위탁생 교육 실시, 자격증 취득 지원, 학생 취업정보 데이터베이스 구축과 취업정보실 운영, 전공 영역별 해외연수 확대 등에 역점을 두고 교육활동을 전개하고 있다.
18개 동아리가 활동하고 있고, 특히 동남적십자회는 보건진료소를 통한 주민보건 상담 및 진료활동과 무의촌 봉사활동 등을 실시하고 있다. 매년 10월에 노송축제를 개최하고 있으며, 대학신문 『동남학보』를 발간하고 있다.