1950년 4월 미국 메리놀수녀회에서 설립하였는데, 초대원장은 메리 머시 허쉬벡(Mary Mercy Hirschboeck)수녀이다. 설립 직후 한국전쟁이 일어나자 임시수도였던 부산을 중심으로 구호와 의료사업을 벌였다.
특히, 피난민이 집중되어 있던 영주동 언덕길로 메리놀 수녀들이 약품을 머리에 이고, 등에 지며 무료로 진찰과 치료를 해줌으로써 의료 사각지대였던 당시의 상황에서 생명사랑과 인간존중을 실천하는 가톨릭 의료단체로서의 역할을 다하였다.
메리놀병원은 시대적 변화에 따라 메리놀회 수녀들이 경영권을 포기하고 1969년 1월 천주교부산교구유지재단으로 이관되어 운영되고 있다. 현재 진료과목은 내과를 비롯하여 22개과가 있으며, 신장이식클리닉을 비롯, 최신 의료설비와 최첨단 의료장비를 갖추고 있다.
병상수도 540병상으로 부산광역시에서도 종합병원으로서 대형 병원에 속한다. 메리놀병원은 가톨릭의료기관으로서의 이념을 올바르게 수행하기 위해 1998년 하반기부터 ‘뉴 메리놀 2000 운동’을 펼치고 있다.
‘뉴 메리놀 2000 운동’은 전 직원이 함께 참여하는 고객감동을 실현하기 위한 아래로부터의 운동으로서 친절서비스를 통해 지역사회에서 봉사하는 병원으로 자리매김하고 있다. 메리놀병원의 직원수는 1998년 10월 현재 전문의 61명을 비롯하여 인턴과 레지던트를 포함하여 총 698명이다.