전주사고(全州史庫)의 실록과 서적들을 봉안하기 위하여 임진왜란이 끝난 뒤 이 보현사의 실록을 다시 영변객사로 옮겼고, 1603년(선조 36) 5월 등서(謄書)와 인쇄의 편의를 위하여 다시 강화도로 옮겼다.
1603년 7월 재인쇄에 들어가 1606년 4월 인쇄가 모두 끝났다. 이 때 재인(再印)된 실록의 소장처로 묘향산사고가 다시 지정되었다.
이 때 재봉안된 실록은 1628년(인조 6)까지 계속되었으나, 박정(朴炡)·강석기(姜碩期) 등의 건의에 의하여 1628년 7월 강화도의 마니산에 사고를 설치하고 묘향산사고에 보존하였던 실록을 옮기고, 또 그 일부는 적상산사고(赤裳山史庫)에 옮기기도 하였다. 따라서, 묘향산사고는 1606년부터 1628년까지 22년간 존속되었다. →사고