정면 5칸, 측면 3칸인 초익공계(初翼工系) 팔작지붕건물. 1973년 서울특별시 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정되었다. 잘 다듬은 긴 댓돌을 세벌로 쌓고 그 위에 방형(方形) 주춧돌을 놓은 뒤 기둥을 세우고 가구(架構)하였다.
현판의 ‘淸憲堂’이라는 글씨는 낙관으로 보아 신관호(申觀浩:申櫶)가 쓴 것이다. 1865년(고종 2) 흥선대원군의 주도 아래 훈련도감(訓鍊都監)의 신영(新營) · 남영(南營) · 마병소(馬兵所)를 합병하여 삼군부(三軍府)라 하고, 조선 초기의 삼군부 자리인 현정부종합청사 자리에 그 관아를 새로 세웠다.
청헌당은 총무당(總武堂) · 덕의당(德義堂)과 함께 1868년에 건립되었다. 일찍이 조선 초기 경복궁을 중심으로 그 남쪽에 의정부(議政府)를, 남서쪽에 삼군부를 마주보게 배열하고, 여기에 사인소(舍人所)와 유학교도관(儒學敎導官)을 두어 신하들로 하여금 문무(文武)를 익히게 하였다.
이 제도는 여러 번에 걸쳐 설치와 폐지를 거듭하다가 고종 때 부활되었다. 삼군부의 청사(廳舍)는 1880년 통리기무아문(統理機務衙門)의 청사로 바뀌었다가, 1894년 갑오경장 이후 시위대(侍衛隊) 청사로, 또 1910년 경술국치 이후 조선보병대사령부로 사용되기도 하였다.
1926년 순종이 승하한 뒤에 폐지되었으며, 그뒤 주당(主堂)인 총무당은 일제침략기에 성북구 돈암동으로 이전되었고, 덕의당은 없어졌으며, 청헌당은 1967년 정부종합청사를 새로 지을 때 현위치로 옮겨졌다. 1977년의 보수공사로 옛 모습을 잃은 채 새 건물처럼 세워져 있다.