1988년 학교법인 서남학원(瑞湳學園)으로 설립인가를 받아 1990년 창설되었다. 1991년 국문학과 등 10학과 400명으로 개교하였다.
1991년 국문학과 등 4개학과 140명 총 560명 증설인가를 받아 총 2,160명 정원이 되었으며 1992년 서남대학교로 교명을 변경하였다.
2002년 3월 8일 아산캠퍼스를 개교하여 2010년 8월 현재 남원캠퍼스와 아산캠퍼스를 두었다. 남원캠퍼스에는 인문학부에 국어국문학과 · 영어학과 · 중국어학과, 사회과학부에 경찰행정법학과 · 사회복지학과 · 경영학과, 이학부에 컴퓨터정보통신학과 · 컴퓨터응용수학과 · 컴퓨터물리학과 · 생명과학과 · 의예과, 보건학부에 물리치료학과 · 임상병리학과 · 작업치료학과 · 보건환경학과 · 보건행정학과 · 의료공학과, 공학부에 건축공학전공 · 토목공학전공, 예체능학부에 디자인학과 · 사회체육학과 · 음악학과, 의학부에 의학과, 간호학과 등 7개 학부에 24개 학과가 있었다.
아산캠퍼스에는 치위생학과 · 방사선학과 · 응급구조학과 · 영어학전공 · 중국어학전공 · 경찰행정법학과 · 부동산학과 · 사회복지학과 · 행정학과 · 공무원행정학과 · 경영학과 · 글로벌마케팅학과 · 컴퓨터정보학과 · 전기전자공학과 · 환경화학공학과 · 건축공학과 · 토목공학과 · 사회체육학과 등 18개 학과가 있었다.
교훈은 ‘진리 · 창조 · 봉사’이며 매년 5월과 10월에 개최되는 백호대동제와 용정벌 큰잔치 및 30여 개의 동아리를 중심으로 활발한 학생활동이 이루어졌다. 서남대학교는 2017년 교육부의 학교폐쇄 명령에 따라 2018년 2월 28일부로 학교가 강제로 폐교되었다.