우루과이라운드 다자간 무역협상의 타결로 마련된 세계무역기구 설립을 위한 마라케시협정(Marrakesh Agreement Establishing The World Trade Organization)에 근거하여 1995년 1월 1일 발족되었다.
당초 제2차세계대전 이후 미국을 중심으로 한 연합국 측은 1944년 미국의 브레튼우즈에서 세계경제의 번영과 안녕을 추구하기 위하여 회의를 가지고 국제통화기금(IMF)·국제부흥개발은행(IBRD)·국제무역기구(ITO)의 3개 국제기구 설립을 통해 환율안정, 부흥개발기금제공 및 자유무역체제확립을 추진하였다.
그러나 국제무역기구(International Trade Organization) 설립에 관한 하바나헌장(Havana Charter)은 당시 각국의 경제현실에 비추어 그 이상이 지나치게 높았기 때문에 조인을 마친 국가 중에서 호주와 리베리아 2개국을 제외하고는 자국내 의회의 비준을 받지 못하여 국제무역기구는 설립되지 못하였다.
이에 따라 이 헌장의 내용을 대폭 축소하여 각국의 합의가 이루어진 부분만을 발췌하여 1948년 1월에 23개 국간 잠정적인 국제협정으로 관세 및 무역에 관한 일반협정(General Agreement On Tariffs and Trade, GATT)이 발효되었다.
GATT는 법적 기구로서의 성격을 갖지 못하였고 많은 예외규정을 두고 있어 국제협정으로서의 법적 구속력이 제한되어 협정 참여국들의 불공정행위 및 자위적 행위를 효율적으로 규제하기 어려웠다.
이에 따라 1986년 개시된 우루과이라운드협상에서는 GATT체제의 여러 문제점을 해결하기 위하여 GATT체제를 다자간 무역기구화하는 작업을 협상과제로 채택하게 되었다.
세계무역기구의 범위·기능·구조·사무국설치·예산·지위·의사결정·가입·발효·탈퇴 등에 대해서는 서문, 16개 조문 및 4개의 부속서로 구성된 세계무역기구 설립을 위한 마라케시협정에 상세히 규정되어 있다.
세계무역기구는 동협정의 부속서에 포함된 협정 및 관련 법적 문서와 관련된 사항에 있어서 회원국간 무역관계의 수행을 위한 공동의 제도적인 틀을 제공한다.
동협정의 부속서 1에 포함된 1994년 GATT, 농업에 관한 협정, 보조금 및 상계조치에 관한 협정, 반덤핑에 관한 협정, 긴급수입제한조치에 관한 협정 등 13개로 구성된 상품무역에 관한 협정과 서비스무역에 관한 협정 및 부속서, 무역관련 지적재산권에 관한 협정, 부속서 2에 분쟁해결규칙 및 절차에 관한 양해, 부속서 3에 무역정책검토제도 등 다자간 무역협정은 모든 회원국에 대해서 적용된다.
반면 부속서 4의 민간항공기 무역에 관한 협정, 정부조달에 관한 협정, 국제낙농협정, 국제우육협정 등 4개의 부수국가간 협정은 개별 협정을 수락하는 회원국간에만 적용된다.
세계무역기구는 WTO설립협정, 17개(부속서 1∼3)의 다자간 무역협정, 4개(부속서 4)의 복수국가간 무역협정의 관리·운영을 위한 제도적인 틀을 제공하는 이외에 다자간 무역협상의 장을 제공하고 협상결과의 이행을 위한 제도적 장치를 마련하며, 세계경제정책결정의 일관성 제고를 위하여 국제통화기금(IMF), 국제부흥개발은행(IBRD) 및 관련기구들과 협력을 한다.
WTO는 각료회의를 통해 사무총장을 임명하며 사무총장 및 사무국직원의 독립성을 보장한다. 각료회의는 모든 회원국 대표로 구성되고 최소한 2년에 1회 개최되며, 일반이사회는 각료회의 비회기중에 각료회의의 기능을 수행하며 분쟁해결기구, 무역정책검토기구로서의 기능도 수행한다.
또한 일반이사회는 각국 분담금 등에 관한 재정규정 및 연간 예산안을 채택하며 산하에 상품교역에 관한 이사회, 서비스교역에 관한 이사회, 지적재산권이사회 등 3개의 특별이사회가 설치되어 있다.
WTO의 의사결정은 GATT의 관례를 따라 전원합의방식을 유지하되, 협정해석의 채택 및 회원국의 의무면제에 대한 결정은 회원국 4분의 3 다수결에 의한다. 회원국은 1995년 1월 1일 WTO설립협정 발효시 가입한 76개국의 원회원국과 그 이후 추가로 가입한 일반회원국 85개국 등 총 161개국(2015년 10월 현재)이다.
WTO 가입은 각료회의에서 회원국 3분의 2 다수결에 의해 결정되며, 1997년 1월 1일 이후 가입되는 회원국은 가입작업반 설치 또는 별도의 양허협상이 필요하다. WTO회원국은 6개월 전 통지로서 탈퇴가 가능하다. 각 회원국은 자기 나라의 법률규정, 행정절차를 부속협정에 규정된 자기 나라의 의무에 합치시켜야한다.
WTO가 법인격을 갖추고, 회원국은 국내법을 WTO협정에 일치시켜야 함으로 다자간 무역체제가 보다 강화되었다. 그 간 GATT체제에서 제외되어온 농산물·서비스·지적재산권·무역관련투자 등이 모두 포함됨에 따라 국제무역규범의 적용범위가 크게 확대되었으며, 반덤핑협정 등이 명료화되어 국제무역규범의 일관성이 제고되게 되었다. 본부는 스위스 제네바에 있다.