본관은 월성(月城). 자는 경부(經夫), 호는 성재(省齋). 경주 출신. 아버지는 손사걸(孫師杰)이며, 어머니는 서산유씨(西山柳氏)로 유의건(柳宜健)의 딸이다. 재종숙부인 손지걸(孫之杰)에게 입양되었다. 정종로(鄭宗魯)의 문하에서 수학하였다.
어려서부터 경사(經史)와 제자백가 등을 두루 섭렵하고, 20세가 되어서는 서울에 올라와 유심춘(柳尋春)과 교유하며 학문의 범위를 넓혔다.
벼슬에는 뜻이 없었고, 일평생을 오직 학문의 연구와 후진 양성에 힘썼다. 손윤구는 「사난(士難)」이라는 글에서 불의의 부귀를 구하는 것이 선비의 수치임을 말하고, 세상의 선비들이 그렇지 못함을 개탄하였다. 시문에 능하였으며, 예학에도 밝았다. 저서로는 『성재문집(省齋文集)』 4권이 있다.