인문과학 각 분야에 걸친 연구를 통하여 인문과학 발전에 기여하기 위해 1964년 4월 10일에 창립하였다. 초대 소장은 조의설(趙義卨) 교수가 취임하였다.
2000년 현재 소장과 간사 및 편집위원 6명, 자문위원 9명, 그리고 문과대학 전임강사 이상의 교수 약 100여 명이 연구원으로 연구 활동을 전개하고 있다. 정기간행물 80여 종과 단행본 등 3,500여권의 도서를 확보하고 있다.
주요 사업으로는 연구소가 정식으로 발족하기 직전인 1957년 12월부터 발행해 오던 학술지 『인문과학(人文科學)』을 계속 간행하여 2000년 현재 제 81집까지 발간하였으며, 단행본으로는 ‘인문과학 자료 총서’를 제10집까지 간행하였다.
『산중일기(山中日記)』(1968), 『악학궤범(樂學軌範)』(1968), 『경세훈민정음도설(經世訓民正音圖說)』, 『내훈(內訓)』(1969), 『신재효 판소리 전집』(1969), 『고문서집진(古文書集眞)』(1972), 『홍길동전(洪吉童傳)』(1972), 『심청전(深靑傳)』(완판본, 1972), 『삼설기 · 이해룡전(三說記 · 李海龍傳)』(경판본, 1972), 『고소설 판각본 전집(古小說板刻本全集)』(5권, 1973) 등이 그것이다.
그 밖에 문교부 등의 학술연구 조성비에 의한 연구 결과물인 『한국 인문과학 연구사(韓國人文科學硏究史)』(1971), 『동서양의 의식구조에 관한 연구(東西洋의 意識構造에 關한 硏究)』(1973), 『예(禮)의 본질과 그 사회적 기능 I』(1980), 『예(禮)의 본질과 그 사회적 기능 II』(1981), 『6·25 전쟁 관련 국민의식 조사』(1989), 『삶의 질 선진화와 가족 정책』(1995) 등을 간행하였다.
그리고 1995년 이후 연구소 자체 기획으로 ‘『삼국지연의』 주요 인물에 관한 담론’(1993), ‘오늘의 인문^사회 과학’(학제간 연구를 위한 새로운 패러다임의 모색, 1995), ‘동아시아 문명, 새로운 가능성의 연구’(1996), ‘동아시아 속의 동서문화 교류’(1996), ‘오늘, 여기, 우리 · 나의 문화연구’(1997), ‘기술정보 시대의 문화 예술과 인문학의 새로운 가능성’(1998), ‘21세기 인문학의 지평’(1999) 등의 공동 발표회를 가졌다.
그 밖에 정기 월례 발표회 및 부정기 해외 저명 학자 초청강연회 등을 열고 있다. 운영비는 대학본부의 보조와 자체 조달에 의존하고 있다.
2007년에 인문과학연구소를 비롯하여 철학연구소, 번역문학연구소, 유럽사회문화연구소가 통합, 인문학연구원으로 승격하여 현재에 이르고 있다.