1967년 3월에 서울보건학교가 초급대학과정으로 설립되었다. 1970년 2월에 서울보건학교를 서울보건전문학교로, 1979년 1월에 서울보건전문학교를 서울보건전문대학으로 개편하였다.
1990년 1월서울보건전문대학이 경기도 성남시 지금의 주소로 이전하였으며, 1996년 12월에 을지의과대학을 설립하였다. 1998년 4월서울보건전문대학을 서울보건대학으로 교명 변경하였으며, 2004년 4월을지대학병원을 대전시 서구 둔산동에 개원하였다. 2005년 12월서울보건대학과 을지의과대학의 을지대학교 통합을 승인 받아 2007년 2월 41회 입학식을 거행하였다.
2010년 현재 3개 대학원이 설치되어 있으며, 대전캠퍼스에는 2개 단과대학에 5개과가 설치되어 재학생 928명과 전임교원 267명이 있다. 성남캠퍼스에는 3개 단과대학에 6개 전공 19개 학과가 설치되어 재학생 3,988명과 전임교원 118명이 있다.
대전캠퍼스 부속기관으로는 ‘학술정보센터, 생활관, 교육개발연구센터, 의과학연구소, 평생교육원, 각종연구소’가 설치되어 있으며, 성남캠퍼스 부속기관으로는 ‘학술정보센터, 전산정보센터, 범석의학박물관, 학보사, 생활관, 을지인력개발원 등’이 설치되어 있다.
‘인간사랑, 생명존중’의 이념을 바탕으로 하여 ‘미래를 향한 국가와 지역사회 발전을 위해 교육하고 연구하며, 봉사하는 차세대 보건 의료인 양성’을 교육목적으로 하고 있다.
학교특색으로는 권위있는 외국의 유명 연구기관과 대학에서 풍부한 연구경험과 실력을 닦은 젊고 패기있는 유능한 교수진의 편성, 특히 서울과 대전에서 특색 있는 발전을 이루면서 우리 나라 의료계를 이끌어 온 전통있는 을지병원을 부속병원으로 갖고 있기 때문에 폭넓은 임상실습이 가능하다. 5월에 ‘학술문화축전’과 10월에 종합체육대회를 개최하고 있다.