창건연대 및 중창의 기록은 전하지 않고 있으나 현존하는 유물들로 보아 신라시대에 창건되었던 것으로 추정되며, 현재 남산 내에서는 가장 규모가 큰 불상을 갖춘 곳이다.
칠불암이라 부르게 된 것도 마당에 있는 바위에 아미타삼존불(阿彌陀三尊佛)을 비롯하여 사방불(四方佛)이 조각되어 있기 때문으로서, 1930년대에 지금의 암자가 세워졌다. 이 칠불은 조각수법이 빼어날 뿐 아니라 우리나라 사방불의 연구에 귀중한 유물이 된다. 또, 이 절의 위쪽 신선바위[神仙巖]에는 반가상(半跏像)을 한 보살상이 있는데 매우 빼어난 작품이다.
현존하는 당우(堂宇)로는 인법당(因法堂)을 비롯하여 산신각(山神閣), 요사채 등이 있는데, 산신각에는 특이한 모자를 쓴 산신탱화가 있었으나 분실되었다. 또한, 이 암자에는 칠불 외에도 폐탑의 탑재를 모아 올린 3층 석탑 1기와 옥개석으로 보이는 6개의 석재, 여덟 겹의 연꽃이 새겨진 배례석(拜禮石)이 있다.
이 밖에도 많은 석재유물과 기와조각들이 있는데, 이들은 거의 통일신라시대의 유물로 추정된다. 또한, 이 암자는 신라의 고승 원효(元曉)가 머물면서 대안(大安)의 가르침을 받았던 도량으로 전하고 있다. 마애불상군은 2009년 국보로 지정되었다.