농화학의 발전과 농업개발에 기여하기 위하여 조백현(趙伯顯) · 김호식(金浩植) 등이 중심이 되어 1960년 3월 서울대학교 농과대학에서 설립한 '한국농화학회'로 출발하였다. 2003년에 한국응용생명화학회 (Korean Society for Applied Biological Chemistry)로 명칭을 변경하였다.
발족 이후 꾸준히 국내외 학술발표회를 개최해오고 있는데, 내용은 주로 토양 · 비료 농약 · 생화학 · 식물생리 · 생물물리 · 천연물 및 식품 등 농학의 화학분야에 관계되는 연구결과들이다.
1990년에는 한국농화학회 창립 30주년 기념 국제심포지움을, 1994년에는 농업생물공학 국제심포지움을, 2000년에는 창립 40주년 기념 국제 심포지움을, 2010년에는 창립 50주년 기념 국제심포지엄을 개최하였고, 이후 매년 국제 학술회의를 개최하고 있다.
1960년 12월에 학술지 ≪한국농화학회지≫를 창간하여 발간하다가 2003년부터 ≪한국응용생명화학회지(Journal of Applied Biological Chemistry)≫로 변경하여 발간하고 있다. 이 학회지는 2007년에 SCIE에 등재되었다.
학회는 1980년대 이후 환경공해 및 유전공학 등의 분야까지 개척함으로써 그 연구 활동분야가 더욱 확대되어 첨단과학의 일익을 담당하는 학회로 발전하고 있다. 사무실은 서울대학교 농과대학 농화학과 내에 있다.