창설자는 방유룡(方有龍) 신부이다. 최초의 한국인 신부인 김대건(金大建)의 순교 100주년이 되는 해에 창설되었고, 1951년 12월 교황청으로부터 정식 인가를 받았다.
창설이념은 한국 순교자들의 고귀한 순교정신을 이어받아 사랑으로 일치된 수도공동체로 하느님과 합일하는 삶으로 세상에 복음을 전파하는 것이다.
특수목적은 한국순교자 현양과 동양고유문화에 대한 연구 · 보존을 통한 그리스도교의 토착화에 힘쓰는 것이다. 이를 위한 수덕론(修德論)으로 점성정신(點性精神) · 침묵대월(沈默對越) · 면형무아(麪形無我) 등을 중시하고 있다. 이 수덕론은 곧 창설자인 방유룡 신부의 가르침이다. 방유룡 신부는 1930년대부터 한국인 여자 수도회를 창설하려 하였다.
그러나 일제의 탄압으로 실패하고, 8·15광복 다음해 자신이 사목하고 있던 개성본당에서 윤병현(尹炳賢) · 홍은순(洪恩順) 회원과 함께 이 수녀회를 발족할 수 있었다.
창설되던 해 10월에는 6명의 회원이 더 입회하여 모두 8명이 되었고, 이때 처음으로 소착복식(小着服式)도 행하여졌다. 이후 그들은 경제적 자립을 위하여 양재학원을 경영하고, 개성에 단독주택도 구입하여 본격적인 수도생활을 시작하였다. 1950년 3월에는 서울 청파동2가 현 소재지로 수녀원을 이전하였다.
그러나 전쟁의 발발로 부산 피난생활을 겪지 않으면 안 되었으며, 1952년 12월에 서울로 귀환해서야 첫 착복식을 가지게 되었다. 그 뒤, 이들은 샤르트르 성바오로수녀회의 수련지도를 받기도 하면서 2년을 더 지낸 다음 1954년 12월에는 마침내 첫 서원자 5명을 탄생시킬 수 있었다.
1957년 3월 6일재속수도회(在俗修道會)인 한국순교복자회 제3회(第三會)를 발족시켰고, 수녀회에서는 이후 사회사업과 전교활동에 본격적으로 참여하기 시작하였다. 그리고 다음해 9월 첫 종신허원식을 거행하였으며, 1961년충청남도 천안에 복자여자중학교를, 1963년에 복자여자고등학교를 설립하여 교육사업에도 참여하게 되었다.
이어 1962년부산에서 여성 수도단체인 한국순교복자빨마원을 창설하였다. 1963년경기도 부평의 성모자애병원을 인수하였으며, 1967년 일본 오사카[大阪]에 분원을 설립하였다.
1971년 한국가톨릭문화사연구소를 수녀원 안에 설립하여 한국순교사 연구사업을 시작하였고, 1976년에는 청파동 본원 건물을 개축하였다. 다음해 7월에는 부산 오륜대(五倫臺)에 순교자기념성당을 건립하였다. 1987년 10월 원주민 사목을 위하여 멕시코에 분원을 설립하였다.
현재 총원장 이숙자(李淑子, 아우구스티노) 수녀 등 많은 회원들이 전국적으로 전교 · 교육 · 의료 · 사회복지 활동에 참여하고 있다.