1993년 3월 8일 음악원을 개원하면서 개교하였다. 1990년 6월 ‘문화발전 10년 계획’의 일환으로 발표된 국립예술학교 설립계획에 따라 1991년 12월 제정된 「한국예술종합학교설치령」에 의거하여 설립되었다. 예술사 과정 4개 학과(성악ㆍ기악ㆍ작곡ㆍ지휘)를 두고, 초대 교장에 이강숙이 취임하였다.
1994년 3월 연극원을 개원하고, 예술사 과정 4개 학과(연기ㆍ연출ㆍ극작ㆍ무대미술)와 예술전문사 과정 3개 학과(성악ㆍ기악ㆍ작곡)를 개설하였다. 1995년 3월 영상원, 1996년 2월 무용원, 1997년 3월 미술원, 1997년 3월 전통예술원을 개원하였다.
1998년 소관 부처가 문화관광부로 바뀌었고, 1999년 9월서울시 서초구 서초동에 서초동캠퍼스를 신축하였다. 2005년 한국예술영재교육연구원, 2007년 문화예술교육센터, 2008년 한국예술영재교육원을 부설하였다.
창조적 전업예술가 육성을 교육목적으로 해서 음악ㆍ연극ㆍ영상ㆍ무용ㆍ미술ㆍ전통예술 6개 분야에서 예술실기 및 제작능력을 전문적으로 교육하고 있다. 1대1 레슨, 그룹별 토론, 전공별 워크숍, 공동제작, 현장실습 등이 교육의 중심 내용이고, 교육과정은 6개 원에 각각 학사과정에 해당하는 예술사과정과 석사과정에 해당하는 예술전문사과정이 설치되어 있어 각종학교이지만 졸업생에게는 4년제 대학 및 대학원과 동등한 학력이 인정된다.
국제교류로 영국 미들섹스대학교(Middlesex University), 미국 캘리포니아대학교 데이비스캠퍼스(University of California, Davis) 등 해외 23개 국 54개 대학과 교류협정을 맺고 교환학생제, 연수, 학술교류 등을 시행하고 있다.
2009년 현재 6개 원(음악원ㆍ연극원ㆍ영상원ㆍ무용원ㆍ미술원ㆍ전통예술원)에 재학생은 2,186명, 전임교원은 132명이다. 석관동캠퍼스에는 연극원ㆍ영상원ㆍ미술원ㆍ전통예술원, 서초동캠퍼스에는 음악원ㆍ연극원을 운영하고 있다. 부속ㆍ부설기관으로 한국예술영재교육원ㆍ문화예술교육센터ㆍ한국예술연구소ㆍ한국예술영재교육원ㆍ여성활동연구소가 있다.