농학분야 중 작물학과 이에 관련되는 학문의 연구를 통하여 그 지식을 널리 보급시켜 한국농업의 발전에 기여하며, 회원 상호간의 친선을 도모할 목적으로, 지영린(池泳鱗) 등이 중심이 되어 1962년 10월 서울대학교 농과대학(현재 농업생명과학대학)에서 설립되었다.
창립 이후 정기적으로 연 2회의 연구발표회를 가지는 한편, 5회의 심포지엄을 개최하였고, 외국인학자 10명을 포함하여 국내외 저명학자를 초청, 특별강연 또는 세미나를 수시로 개최하고, 한국농업과학협회가 주관하는 심포지엄에도 참가하여 여러 번의 연구발표 및 세미나를 실시하였는데, 그 내용은 주로 작물학의 이론과 품종 및 재배기술의 개발과 발달에 관한 것이었다.
학술지 『한국작물학회지』를 1963년부터, 『Journal of Crop Science and Biotechnology』를 1998년부터 간행해 왔으며, 현재 각각 연 4회 발간하고 있다.
1977년부터 그해에 발표된 연구논문 가운데 우수논문을 선정하여 1, 2명에게 학술상을 시상하였으며, 1980년부터는 작물학 및 작물학회 발전에 두드러진 공헌이 있는 회원을 매년 1, 2명씩 선정하여 공로상을 시상함으로써 작물학 발전의 촉진을 도모하였다. 이외에도 신진과학자상, 청사작물학상 등을 제정하여 시상하고 있다.
정회원은 작물학에 관한 연구를 하는 자로서 학회의 목적에 찬동하는 자, 명예회원은 학식과 덕망이 있는 자이며, 찬조회원은 학회의 목적달성을 위하여 특히 공로가 큰 자 및 기관으로서 각각 상임이사회의 승인을 얻은 자이다.