전자현미경에 대한 기초와 그 응용에 관한 연구를 통하여 그 지식의 보급과 개발을 촉진하고 회원 상호간의 친목을 도모할 목적으로, 이배함(李培咸)·안영필(安永弼) 등이 중심이 되어 1967년 5월 서울에서 설립되었다.
설립 당시에는 국내에 전자현미경이 4대밖에 없었으나 점차 그 수가 늘어나면서 연구활동도 활발하게 되어, 1967년 11월 제1회 학술대회를 개최한 이래 매년 학술대회를 개최하고 있다.
1969년 9월 학술지 ≪한국전자현미경학회지≫를 창간하여 연 1회씩 발간하였으며, 1979년 8월 한국과학기술단체총연합회에 가입을 계기로 연 2회, 1992년부터는 연 4회로 증간하여 1999년 현재 제29권 4호까지 발간하였다.
한편, 1997년 전자현미경의 기초와 응용에 관한 학문과 기술을 향상시켜 산업진흥에 기여함을 목표로 사단법인으로 인가되었으며, 전자현미경의 기초기술 보급, 신기술 개발, 학술적 체계 확립 등의 사업을 추진하고 있다.
주요사업으로 학술대회·심포지엄·특별강연 개최, 기술 개발 및 신기술 보급을 위한 워크숍, 기술자격 검정시험 등을 연 2회 실시하고 있다.
회원자격은 전자현미경학에 관심이 있는 사람으로 정회원의 추천을 받은 자이며, 1999년 현재 회원수는 약 520명이다.