지리학 전반에 걸친 학술연구, 교육이론과 실제에 관한 과학적 연구를 통하여, 회원 상호간의 친목을 도모하고, 지리교육의 정상화와 지리학 발전에 기여할 목적으로 임한수(林漢洙)·김상호(金相昊)·황석근(黃錫根) 등 지리학 교수들이 중심이 되어 1973년 3월 설립되었다.
2002년 국토해양부(당시 건설교통부)의 비영리법인 설립허가를 받아 사단법인으로 설립하였고, 교육과학기술부(당시 교육부)와 학술진흥재단의 학술지 평가에서 『지리학연구』가 A 등급을 획득하여, 현재 학술진흥재단 등재후보지로 등록되었다. 이후 2005년 2월 26일 국토지리학회로 명칭을 변경하였다.
설립 당시에는 지리교육에 중점을 두어, 중고교 현장수업 참관, 중고교 교사의 연구수업콘테스트 실시, 우수교사 표창, 연구논문집 발간 등 활동분야가 다양하였으나, 최근에는 대학회원 중심의 학술연구에 중점을 두고 있다.
매년 봄과 가을 2회에 걸쳐 학술발표와 야외답사를 실시하여 이론과 실제 간의 차이점과 그 원인을 규명하여 왔으며, 그 내용은 주로 지리학 전 분야와 지리교육에 관한 것이다.
국토지리학회는 첫째, 국토 및 국내·외 지역에 관한 연구 성과의 학술지 발간과 국내·외 학술대회 개최, 둘째, 우리 국토의 이해와 발전을 위한 연구사업·출판사업·콘텐츠 개발사업, 셋째, 중앙정부 및 지방자치단체의 지역에 대한 조사 및 연구 활동 넷째, 국토의 지속가능한 개발, 환경친화적 발전 및 장소마케팅에 관한 연구, 다섯째, 지리학 및 지리교육학의 발전과 진흥을 위한 사업 등을 추진하고 있다.
1973년부터 전문연구지인『지리학연구』를 발간하여, 1년에 4회씩 발간하고 있다. 1984년 겨울과 1985년 여름 2회에 걸쳐 동남아지역과 유럽지역의 학술답사를 실시하였으며, 앞으로도 해외연수 겸 학술답사를 계속할 계획으로 있다.
학회 구성원은 전국 주요 대학의 지리학과와 지리교육과 교수, 국토와 지역학 관련 전공 교수, 주요 국·공립 연구소 연구원, 지리교과 관련 중등 교사, 기타 지리학과 지리교육을 연구하는 학자들이 임원과 회원 등이다.