해운·항만·물류·관광·벤처 등 해양관련 산업을 발전시키며, 해양을 둘러싼 ‘국제간 공존’을 이룰 수 있는 정책방안을 산·학·연 합동체제를 구축하여 연구함으로써 이론적 깊이와 정책적 실용성을 겸비한 발전방안 제시를 목적으로 설립되었다.
그 전신은 1982년 1월에 설립된 해운연구소(海運硏究所)이다. 2000년 5월에 한국해양대학교 부설 사회과학연구소와 통합되어 국제해양문제연구소로 명칭이 변경되었다.
기구는 1명의 소장과, 1명의 부소장 하에 해운항만정책연구실·해사법정연구실·해양관광벤처연구실·국제통상연구실·국제지역문화연구실·연구지원실이 있으며 자문기구로 자문위원회와 운영위원회·특별위원회가 있다.
이 연구소의 목적사업은 해운산업의 발전 및 항만관리의 효율성을 높이며, 해운·항만에 관련된 교육의 질적 향상을 위하여 해운 및 항만산업분야의 연구와 이에 관련된 사업을 수행하는 것이 주된 것이다.
간행물로는 1982년부터 『해운연구소논문집』을 발간하여 전국대학 및 연구소에 배포하고 있으며, 2000년 12월에 『국제해양문제연구』로 제호가 바뀌어 간행되고 있다. 단행본으로는 2000년에 『시파워의 세계사』·『세계의 항만』, 2001년에 『Logistics and International Shipping』·『한영독어로 배우는 인터비즈』·『한영불어로 배우는 인터비즈』 등을 발간하였다.
국제학술회의로 2000년 7월에 「2001 부산해역의 미래개발을 위한 심포지움」, 2001년 5월에 「부산항 선진화를 위한 항만마케팅 전략수립」 등을 개최하였다. 이밖에도 외국의 해운산업분야의 저명한 인사를 초빙하여 특강을 실시하는 등 학술교류 활동도 수행하고 있다.