6개과와 2개 담당관을 두고 교통부의 하부조직으로 조직되어 있던 해운국은 1976년 3월 건설부와 교통부에 이원화되어 있던 항만건설과 운영의 효율화를 기하기 위하여 해운항만청이 신설되면서 해운국·운영국 및 시설국의 3개국을 두었으며, 1978년 3월 재무국을 신설하고 1979년 3월에는 선원선박국을 신설하였으며, 수로국으로부터 항로표지(航路標識) 업무를 인수하였다.
차관급 정무직의 청장 밑에 공보사무를 담당하는 공보관을 두고, 1급 별정직 차장 밑에 각종 사업계획의 종합 및 조정과 이를 심사, 분석하며 예산·행정관리 및 법제업무를 담당하는 기획관리관이 있었다.
또한, 자금운영계획 수립, 국유재산의 관리운영 및 세입·세출의 결산을 담당하는 재무담당관과 감사, 비상계획담당관을 두고 있었다. 계선조직으로서는 총무과·해운국·운영국·개발국 및 선원선박국을 두고 있었다.
소관사무를 시행하기 위하여 청장 밑에 10개의 지방 해운항만청(인천·부산·군산·목포·여수·마산·울산·포항·동해·제주)과 항로표지용기기의 제작·수리 등을 위하여 항로표지기지창(여수)와, 군산·제주 항만건설을 위하여 군산항 및 제주항 건설사무소를 두고 있었다.
또한, 지방해운항만청에는 9개의 출장소(속초·삼척·묵호감천·평택·여천·광양·통영·거제·온산·미포·포항신항·삼천포·충무·장승포·삼일·장항·완도·서귀포)를 두어 소관사무를 담당하였다. 1996년 8월 해양질서의 급격한 변화와 21세기 해양경쟁시대에 해양수산부에 모두 흡수되었다.
1996년 해양수산부가 신설됨에 따라 기존 지방해운항만청은 지방해양항만청으로 명칭을 변경하여 해양수산부의 관할을 받게 되었다. 이후 2015년 1월 지방해양항만청은 지방해양수산청으로 명칭을 변경하였다. 현재 지방해양수산청은 모두 11개(부산지방해양수산청·동해지방해양수산청·인천지방해양수산청·울산지방해양수산청·여수지방해양수산청·목포지방해양수산청·군산지방해양수산청·포항지방해양수산청·평택지방해양수산청·마산지방해양수산청·대산지방해양수산청)가 있다.