1996년 설립허가된 학교법인 장로회부산신학원이 2000년 11월 29일 설립인가를 받아 개교한 기독교계 학교이다. 처음 부산에서 출발하였으나, 1999년 1월 현 김해시 부지에 교사를 신축하여 이전하였다.
전문인 사역자 양성 특성화대학을 추구하고 있으며, 학문과 실천의 교육을 실시함으로써 전인적 지도자를 양성하는 것을 목표로 하고 있다. 즉, 경건의 훈련, 학문의 연마, 사회 봉사의 교육목표를 바탕으로 경건과 학문을 실천하는 교회 지도자를 양성하는 것이 건학이념이다.
1953년 대한예수교장로회 대한신학교 부산분교로 출발하여 1956년 대한예수교장로회 부산신학교로 명칭을 변경하였다. 2000년 11월 29일 현재의 명칭으로 설립인가를 받아 개교하였다. 2002년 신학대학원이 설립되었고, 2006년 일반대학원과 목회대학원이 설립되었다.
2013년 현재 대학에는 신학과, 특수교육과, 사회복지상담학과 등 3개 학과를 두고 있으며 입학정원은 총 76명(정원내70, 정원외 6명)이며, 전임교원은 23명이다. 대학원은 신학대학원, 일반대학원, 목회대학원이 설립되었으며, 부속기관으로 도서관, 생활관, 출판국, 신문방송국, 학생생활상담소가 있고, 부설기관으로 평생교육원과 특수교육지원센터의 교육기관과 부산경남교회사연구소, 사회복지연구소, 기독교사회문화연구소의 연구기관으로 나누어져 있다.
2013년 2월 목회대학원(입학정원 18명)의 정원을 조정하여 성경주해대학원과 상담및심리치료대학원을 설립하였다.