1913년 미국인 안의와(安義窩: James E. Adams) 선교사에 의해 보통성경학교가 설립되었고, 1937년에 고등성경학교로 개편되었다. 1954년 경북노회가 신학교 설립인가를 받고 개교하였으며, 1956년 학교법인 대구동산성서학원이 인가를 받았다. 이듬해 대구장로회신학교 설립인가를 받았으며, 1970년 12월 교명을 영남신학교로 바꾸었고, 1989년 1월 현재의 경산시 캠퍼스로 이전하였다. 1994년 3월 1일 4년제 대학교로 개교하였으며 초대 총장에 김종렬 목사가 취임하였다.
개혁신앙 전통에 선 복음주의 신학을 바탕으로 한국적인 토양 속에서 한국신학을 창출하여 한국교회와 사회, 나아가서는 세계교회를 섬기는 전인적 기독교 지도자를 양성하는 데 설립 목적을 두고 있다.
1999년 9월에는 총회가 직영하는 신학대학교로 승격하였고, 11월에는 정원 90명의 신학석사과정의 인가를 받았다. 2000년 9월에는 목회학 석사과정과 박사과정이 설치되었고, 기독교사회교육원이 문을 열었다
학부는 신학과, 기독교교육학과, 사회복지학과, 상담심리학과 4개 학과가 있다. 대학원은 일반대학원, 신학대학원, 사회복지대학원, 성서신학대학원, 상담대학원, 북방선교대학원의 6개 대학원이 있다. 부속기관으로는 도서관, 학보사, 생활관이 있으며, 부설기관으로는 평생교육원, 국제교류교육원, 학생생활상담소가 있다. 부설연구소로는 기독교교육연구소, 신학연구소, 교회사회복지연구소, 교회와목회연구소가 있다.