1909년 3월 20일 사립양좌학교로 설립인가를 받았다. 1913년 9월 25일 양동공립보통학교로 개교하였고, 1923년 5월 11일 신교사로 이전하였다. 1924년 3월 29일 수업연한 6년으로 연장 인가를 받았다. 1938년 4월 1일에 양동공립심상소학교로 교명을 변경하였고, 1941년 4월 4일에 양동공립국민학교로 교명을 변경하였다.
1947년 9월 1일에는 단구분교장과 유금분교장이, 1948년 9월 15일에는 모서분교장이 설치되었다. 1950년 8월 한국전쟁으로 4개 교실이 파괴되었다. 1959년 9월 17일 사라호 태풍으로 학교건물 절반이 파괴되었다. 1981년 3월 1일 병설유치원 설치 인가를 받았다(1학급).
1986년 3월 10일 경주교육청 지정 민속실 운영 시범학교로 선정되었다. 1996년 3월 1일 양동초등학교로 교명을 변경하였다. 2008년 9월부터 2년간 경북교육청 지정 작은학교 가꾸기 시범학교를 운영하고 있다.
교훈은 ‘더불어 살아가는 정직하고 창의적인 사람이 되자’이다. 교목은 플라타너스이고 교화는 자목련이다. 플라타너스의 상징을 통해 씩씩하게 무럭무럭 잘 자라고 남에게 도움을 줄 것을, 자목련의 상징을 통해 청초하고 순결한 마음을 가꾸고 아름다운 꿈을 키워갈 것을 지향한다.
교육목표로는 나라를 사랑하는 어린이, 스스로 공부하는 어린이, 새롭게 궁리하는 어린이, 세계화·정보화에 앞장서는 어린이, 서로 믿고 협동하는 어린이의 양성에 두고 있다. 특색사업으로는 옛 선현의 얼 이어받기 운동을 통한 인성교육에 두고 이를 실천하는 방법으로 존경하는 위인 선정하여 본받기, 사자소학에 담긴 뜻과 정신 익히기, 성현들의 흔적 탐색하기에 두고 있다. 전통문화 계승발전을 통한 예절교육의 신장을 위하여 한자 및 사자소학과 풍물놀이, 연극교육 등을 실시하고 있으며 한동대학교와 연계한 영어체험학습과 영어캠프를 운영하고 있다.
2010년 3월 1일 현재 초등학교 6학급, 유치원 1학급에 초등학교 학생 73명, 유치원생 9명이며, 교직원은 10명이다. 2010년 2월 18일 제96회 졸업식을 하였고, 총 5,515명의 졸업생을 배출하였다.