1939년 4월 1일 면업전수학교를 설립하였으며 1946년 2월 6일 나주원예중학교로 인가를 받았다. 1947년 10월 10일 호남원예고급중학교 6년제로 인가를 받았으며, 1957년 2월 7일 나주 금천중학교로 분리 인가를 받았다. 1973년 12월 25일 나주시 금천면 원곡리 253·1번지로 이전하였다. 2002년 2월 15일 동서양 절충식 정원을 완공하였으며, 2006년 3월 28일에는 강당을 준공하였다. 2017년 3월 1일 현재의 교지로 이설하였다.
교훈은 ‘오늘도 성실하게’이며 교목은 섬잣나무(의지·이상을 향한 의지), 교화는 장미(정열·애정·미덕·순결), 교색은 녹색(희망·승리를 향한 푸른 이상)이다. 교육목표로서 ‘자주인, 도덕인, 지식인, 과학인, 건강인’을 지향한다. 교육목표의 구체적 추진 방향은 ①공동체 의식을 갖고 자율과 책임을 다하는 사람, ②민주적 생활습관을 길러 법과 질서를 지키는 사람, ③지식정보화 시대를 맞이하여 진취적으로 진로를 개척하는 사람, ④과학적 사고와 기술을 연마하여 합리적으로 생활하는 사람, ⑤튼튼한 몸과 마음으로 적극적으로 건강한 생활을 하는 사람을 길러낼 수 있도록 하는 것에 중점을 두고 있다.
체육활동으로는 1999년 레슬링부가 창단되었는데, 현재 특별히 전국대회나 전라남도 대회의 입상실적은 미미한 편이며 호남원예고등학교 레슬링부의 선수 공급차원에서 운영되고 있는 실정이다.
2010년 5월 현재 총 6개 학급으로 구성되어 있고, 120명의 재학생이 공부하고 있으며, 13명의 교원이 재직 중이다. 2010년 2월 11일에 제60회 졸업식을 거행하여 졸업생 50명을 배출하였으며, 지금까지 누적된 졸업자 수는 총 10,261명에 이른다.