본교는 1946년 9월 25일 전세진 선생이 보문초급중학교를 설립한 것으로부터 연원한다. 대전에 있는 유일한 불교종립사립학교로서 ‘보현보살의 행원을 본받고 문수보살의 지혜를 배운다’는 건학이념으로 출발하였다. 1953년 2월 21일 보문고등학교로 설립 인가를 받아 6학급 규모로 개교하였으며 초대 홍정식 교장이 취임하였다. 1970년 8월 23일 18학급으로 증설되었으며, 1984년 12월 12일 일본 나고야 오다니고등학교와 자매결연을 맺었다. 1995년 11월 24일 대강당 및 법당을 준공하였다. 1996년 4월 23일에 36학급 규모로 증설되었으며, 1997년 8월 7일 208석 규모의 도서실을 개관하였으며, 2005년 2월 28일에 다목적실 우정관을 준공하였다.
교훈은 ‘참되어라, 쓸모 있어라, 끝까지’이며, 교목은 향나무, 교화는 목련이다. 교육지표는 ‘지식기반 사회를 이끌어 갈 도덕적이고 창의적인 사람’이다. 교육목표는 ‘자비정신을 실천하는 인간, 몸과 마음이 건강한 인간, 미래사회를 이끌어 갈 능력 있는 사람’을 양성하는 것이다. 현재 파라미타 불교학생회, 스카우트, 환경지킴이, 만다라, 햅타바인, 베스, 청소년적십자, 세지, 유레카 등의 다양한 동아리 활동이 이루어지고 있다.
2010년 현재 36학급으로 편성되어 있고, 학생 1,382명이 재학하고 있으며, 교직원은 교사 73명, 행정직원 10명 등 총 83명으로 구성되어 있다. 2009년 2월 10일 제54회 졸업식을 거행하였으며, 2009년 당시까지 누적된 졸업생 수는 총 18,528명에 이른다.