군사법원은 「대한민국 헌법」이 대법원의 하급심 법원이자 특별법원으로 규정한 유일한 예이다. 따라서 군사법원 설치의 근거법은 「헌법(憲法)」과 현행 「군사법원법(軍事法院法)」이다.
군사법원은 일반국민에 대해서는 원칙적으로 재판권을 가지지 못하며, 「군사법원법」과 「군형법(軍刑法)」에 규정된 자에 대해서만 형사재판권을 가진다. 따라서 군사법원은 군인, 준군인(準軍人: 군인에 준하는 자), 민간인 중 「군형법」 적용대상자, 국군부대가 관리하고 있는 포로, 「계엄법(戒嚴法)」에 의한 경우, 「군사기밀보호법(軍事機密保護法)」 제13조의 죄와 그 미수범에 대하여 관할권을 갖는다(「군사법원법」 제2조, 「군형법」 제1조).
군사법원은 ‘고등군사법원’과 ‘보통군사법원’으로 구성되며(「군사법원법」 제5조), 상고심(上告審)은 대법원이다. 군사법원의 「규칙」 등은 국방부장관이 의장인 ‘군법무관회의’의 의결을 통해서 정한다(제4조). 군사법원의 행정사무는 법관이 아닌 관할관(管轄官)이 관장하며(제8조), 관할관은 국방부장관 또는 군사법원이 설치되는 부대와 지역의 사령관, 장 또는 책임지휘관이 된다(제7조).
대법관이 아닌 법관은 대법원장이 임명하지만(「헌법」 제104조), 군판사는 각 군 참모총장 또는 국방부장관이 임명한다(「군사법원법」 제23조). 군사법원은 재판관으로 구성되는데, 재판관은 관할관이 지정하며(제25조), 군판사와 심판관으로 한다(제22조). 심판관은 장교 중에서 관할관 또는 군 참모총장이 임명한다(제24조).
보통군사법원은 군판사 2명과 심판관 1명이 재판관이 되고, 약식절차에서는 군판사 1명이 재판관이 된다(제26조). 고등군사법원은 군판사 3명이 재판관이 되는데, 관할관이 지정한 사건의 경우에는 심판관 2명이 추가된다(제27조).
군사법원의 판결에 대해서는 관할관이 확인조치를 하여야 한다. 관할관은 무죄, 면소(免訴), 공소기각(公訴棄却), 형의 면제, 형의 선고유예 또는 형의 집행유예의 판결을 제외한 판결을 확인하여야 하며, 「형법」 제51조 각 호의 사항을 참작하여 형이 과중하다고 인정할 만한 사유가 있을 때에는 형을 감경할 수 있다(제379조).
군사법원의 전신은 ‘군법회의(軍法會議)’이다. 군법회의는 1954년 개정된 「헌법」 제83조의2에 의하여 설립근거가 마련되었고, 1962년 「군법회의법(軍法會議法)」이 제정되어 시행되었으며, 동시에 국방부 군법회의가 설치되었다. 군법회의는 1987년 현행 「헌법」에 의해서 군사법원으로 개칭되어 오늘에 이른다.
보통군사법원은 국방부, 육군, 해군, 공군에 설치·운영되고 있고, 고등군사법원은 국방부에 설치·운영되고 있다.
군사법원은 각국의 역사와 문화에 따라 존재여부가 다르다. 한국과 같이 「헌법」에 군사법원의 설립근거를 둔 독일의 경우에는 군사법원을 두지 않고 있다. 군대가 없는 일본의 경우에도 군사법원이 없다. 반면에 전세계에 군대를 주둔하고 있는 미국의 경우는 군사법원이 가장 발달했 있다.
군사법원의 존재이유로는 군대의 비밀, 전투력 또는 지휘권 등의 군사적 특수성을 들 수 있다. 판사에 대한 임명권이 군이 있으며, 재판에 군인인 심판관이 참여하고, 판결을 관할관이 확인하면서 감경할 수 있는 것은 모두 그러한 특수성의 반영인 것이다.