본 법은 군사기지, 군사시설, 해군기지, 항공작전기지 뿐만 아니라 ‘군사기지 및 군사시설 보호구역’, ‘민간인 통제선’, ‘비행안전구역’, ‘대공방어협조구역’, ‘착륙대’ 등에 일반 국민의 접근과 이용을 제한하고 통제함으로써 군사 관련 시설을 폭넓게 보호하고 국가안전보장에 이바지함을 목적으로 한다.
보호구역 등의 지정권자는 국방장관이다(제4조). 본 법은 보호구역 등이 불필요하게 확장되는 것을 방지하기 위해서 제3조에서 “보호구역, 민간인통제선, 비행안전구역 및 대공방어협조구역(이하 "보호구역등"이라 한다)은 군사기지 및 군사시설의 보호, 군사작전의 원활한 수행 및 군용항공기의 비행안전에 필요한 최소한의 범위 안에서 지정되어야 한다”라고 하여 한계를 설정하였다.
본 법에 의해서 지정된 보호구역에는 출입, 주택의 신축, 수산동식물의 포획 또는 채취, 촬영 등, 보호구역 등의 표지의 이전 또는 훼손 등이 금지된다(제9조). 이를 반한 사안에 대해서 관할부대장 등은 강제퇴거나 제거 등의 조치를 할 수 있다. 또는 행정대집행(行政代執行)을 할 수도 있다(제11조).
행정기관도 보호구역 안에서 일정한 허가나 처분을 할 경우에는 국방부장관과 관할부대장 등과 협의해야 한다(제13조). 또한 군이 상주하지 않는 군사기지 및 군사시설이라고 하더라도 본 법은 경찰서장에게 그 시설의 보호·관리에 대한 협조의무를 부과한다(제22조).
제9조부터 제12조까지의 금지사항을 위반한 경우에는 형벌이 부과될 수 있다(제24조). 또한 보호구역에서 허가를 받지 않고 수산동식물을 포획 또는 채취한 경우에는 어획물·제품·어선 또는 어구는 몰수될 수도 있다(제25조).
본 법은 「군사시설보호법(軍事施設保護法)」이 폐지·대체된 법이다. 「군사시설보호법」은 법률 제2338호로 1972년 12월 26일 제정되었다. 이 법은 중요한 군사시설을 보호하고 군작전의 원활한 수행을 기하기 위하여 필요한 사항을 규정함을 목적으로 하였고, 총 15개조로 이루어졌다. 「군사시설보호법」은 7번의 개정을 거쳤으며, 폐지 당시에는 총 18개조였다. 2006년에는 미군기지예정지에 대한 반대 시위대에게 「군사시설보호법」의 적용여부가 논란이 되었다.
이 법의 대체법령으로 입법된 「군사기지 및 군사시설 보호법」은 2007년 12월 21일 법률 제8733호로 제정(2008년 9월 22일 시행)되었고, 총 25개 조항으로 시행되었으며, 현재까지 타법 개정으로 인한 일부개정이 2회 있었다. 제1장 총칙, 제2장 보호구역 등의 지정, 제3장 행위의 제한, 제4장 심의위원회 및 관리기본계획 등, 제5장 토지 매수 청구 및 손실보상청구 등, 제6장 보칙, 제7장 벌칙 및 부칙으로 이루어졌다.
본 법은 군사기지와 군사시설뿐만 아니라 관련 시설까지도 일반국민의 접근과 이용을 금지시킴으로서 국민의 재산권 행사와 충돌할 수 있는 여지가 있다. 또한 본 법은 대한민국의 군사시설 등 뿐만 아니라, 미군기지 등 대한민국에 주둔하고 있는 외국군의 군사기지 및 군사시설에 대하여도 적용한다.