1917년 4월 6일 목포공립실과고등여학교로 개교하였다. 이후 1945년 11월 28일 초대 구종회 교장이 취임하였으며 이듬해 9월 1일 목포여자중학교로 교명을 변경하였다. 2008년 3월 1일 제22대 유수남 교장이 부임하여 오늘에 이르고 있다.
교훈은 ‘진·선·미(참되고, 착하고, 아름답게)’이며, 교목은 향나무(늘푸름·의지를 상징), 교화는 클로버(감사·행복을 상징), 교색은 녹색(희망·안정감을 상징), 교조는 비둘기(평화·향토·우의를 상징)이다. 교육목표로 ‘도덕인, 자주인, 실력인, 정보인, 건강인’을 지향한다. 교육활동 역점 사항은 ‘독서지도를 통한 창의력 신장’이다. 특색교육으로는 교육복지사업을 통한 교육평등의 구현을 위해 노력하고 있다.
체육활동으로 카누부를 운영하고 있는데, 2008년부터 활동이 활발하여 본교의 카누부가 전라남도 중학교 대표로 선정되었으며 다수 입상한 실적이 있다. 한편 학교신문인『징검다리』를 매년 1회씩 발행하고 있는데, 2009년에 제10호를 발간하였다.
2010년 현재 총 23개 학급을 갖추고 있고, 746명의 학생이 재학하고 있으며, 60명의 교원이 재직 중이다. 2010년 2월 12일에 제86회 졸업식을 거행하여 졸업생 271명을 배출하였으며, 지금까지 누적된 졸업자 수는 총 30,126명에 이른다.