1946년 11월 5일 공립 우산중학교로 인가를 받고 개교하였다. 1948년 제 1회 졸업생 49명을 배출하였으며 1952년 울릉중학교로 교명 변경하였다. 1954년 울릉수산고등학교와 병설되었으며 1963년 천부분교장 2학급을 설립하여 1966년에는 울릉북중학교로 독립하였다. 1968년 서면분교장 3학급을 설립, 1971년에는 태하분교장 3학급을 설립하여 1973년에는 울릉서중학교로 독립하였다. 1975년 울릉종합고등학교와 분리되었다. 1979년 3층 15개 교실의 현 교사를 준공하였으며, 1993년 특별 교실 3개를 준공하였다.
‘창의, 자육, 책임’ 3대 교훈을 바탕으로 강인한 적응력을 상징하는 화솔을 교목으로, 굳은 절개를 나타내는 동백을 교화로 하고 있다. 2005년 교육과정 최우수교로 선정되어 교육부장관상을 받았으며, 2006년 교육부문단체 울릉군민상을 수상하였다. 2007년 교육부장관 표창 학교평가 우수교로 선정되었다. 특색사업으로 독도사랑 운동의 활성화와 도서관의 활성화를 통한 독서의 생활화를 목표로 하고 있다.
2010년 3월 현재 4학급에 학생 90명, 교직원 15명이다. 2010년 2월 제63회 졸업식을 하였고, 총 5,896명의 졸업생을 배출하였다.