의문사진상규명위원회는 지난날 권위주의 정권 하에서 민주화 운동과 관련하여 공권력의 위법한 행사로 의문의 죽음을 당했다는 의혹이 제기되어온 사건에 대해 국가차원에서 진상을 규명함으로써 잘못된 과거사를 정리하고 희생자와 유가족의 명예회복을 통한 국민화합과 민주발전을 위해 설립되었다.
의문사위의 활동은 2002년 10월 16일까지를 통상 1기 위원회로, 의문사법 개정을 통해 2003년 7월부터 활동을 시작하여 그 후 1년 동안 활동을 한 위원회를 2기 위원회라 부른다. 1기 위원회는 접수된 총 83건의 사건 중 최종길 사망 사건 등 19건을 ‘민주화운동과 관련되어 위법한 공권력의 직·간접적인 개입으로 사망한 사건’으로 인정하였다. 그리고 조사과정에서 과거 학생운동이나 노동운동을 탄압하기 위한 녹화사업, 삼청교육, 인혁당 사건, 프락치 공작, 군의문사 등의 실상을 밝혔다.
2기 위원회에서는 1기 위원회에서 진상규명 불능으로 결정된 30건과 이의 제기된 14건을 합쳐 44건을 조사하였다. 2기 의문사진상규명위원회에서는 장준하 사건과 허원근 일병 사건 등의 조작된 수사결과들을 밝혀낸 바 있다. 그 외에도 박정희 정권 하의 사상전향공작, 보안사의 사찰활동, 고문에 의한 조작 사건 등의 진실을 규명하였다.
위문사위의 업무는 과거의 국가권력에 의한 범죄를 규명하는 일이었기 때문에 진실이 드러나는 것을 원하지 않는 검찰, 경찰, 국방부, 보안사, 국정원 등 국가기관의 비협조와 불성실한 태도가 걸림돌로 작용하였고, 일부 언론과 우익단체는 지속적인 비판과 흠집내기를 통해 활동의 도덕성과 정당성을 훼손하려 하였다. 이러한 여러 가지 어려움과 한계에도 불구하고 의문사진상규명위원회는 피해자들의 응어리를 풀어주는 데 어느 정도 기여하였으며 우리사회의 인권 수준을 높이는데 큰 교두보가 되었고 과거청산의 필요성을 사회적으로 공론화하는 데 기여하였다. 의문사진상규명위원회에서 미처 규명하지 못한 사건에 대한 진상규명 작업은 2005년 12월 1일 출범한 ‘진실·화해를 위한 과거사 정리위원회’의 활동으로 이월되었다.