의학, 특히 서양의학과 관련된 자료를 개발 · 수집 · 연구하고 이를 보존 · 전시하여 관련 분야의 교육과 학문연구에 부응하기 위해 설립된 의학 전문 박물관이다.
동은의학박물관의 ‘동은’은 1948년연세대학교 세브란스 의과대학에 장학금을 기증한 김충식(金忠植)의 아호이다. 1976년 8월 23일 동은의학박물관은 재단법인 동은학원 기금의 일부로 설립되어 연세대학교 의과대학 도서관 건물에서 개관하였다. 1980년 2월 동은학원이 소장 유물 654점을 연세대학교 의과대학에 기증하면서 박물관은 연세대학교 의과대학에서 인수 · 운영하게 되었다. 연세대학교 의과대학에서는 ‘의사학자료실’이란 직제를 만들어 수집한 유물을 정리하고 전시실을 새로 단장하여 2000년 1월 14일 동은의학박물관으로 재개관하였다.
동은의학박물관은 우리나라 전통의학의 발전과정 및 서양의학의 수용과 정착과정을 객관적으로 살피고 나아가 우리 역사의 발전과정을 의학의 발전이라는 측면에서 새롭게 인식할 수 있도록 기획되었다.
전시실은 서양의학실과 전통의학실로 구성되어 있으며 약 300여 점에 달하는 유물이 상설 전시되어 있다. 서양의학실은 1) 서양의학 도입과 현대식 병원의 건립, 2) 서양의학의 토착화와 의학교육, 3) 의료기관의 성장과 전국화, 4) 한국인에 의한 의학교육과 연구활동, 5) 대한민국의 수립과 의학교육기관의 발전 등 5개의 주제로 이루어져 있다. 전시품 중에는 한국 최초의 근대식 병원인 제중원을 설립했던 알렌(Horace Newton Allen)이 처방한 우리나라 최초의 서양의학 진단서(1885년)와 알렌이 진료시 사용하였던 검안경, 에비슨(Oliver R. Avison)과 허스트(Jesse W. Hirst)가 박서양 등 그의 제자들과 수술하는 장면이 담긴 유리건판 필름, 고종의 어의(御醫)였던 독일인 의사 분쉬(Richard Wunsch)의 외과도구함 등 한국 근대의료 관련 등록유산 6점 중 4점이 전시되어 있다. 서양의학 진단서, 검안경, 유리건판 필름, 외과도구함은 2009년 국가등록문화재(현, 국가등록유산)로 지정되었다.
전통의학실에는 『동의보감』, 『신주무원록』, 『검안정식』 등 각종 의학서적과 약연, 약탕기 등 각종 조제기구가 전시되어 있다. 이를 통해 한국의 전근대부터 현대에 이르기까지 전통의학의 역사를 한눈에 볼 수 있도록 하였다.
동은의학박물관은 현재(2011년) 의학 관련 자료 17,000여 점을 소장하고 있으며 한국 근현대 서양의학 관련 자료를 지속적으로 수집하고 있다. 또한 해마다 한국 서양의학사와 관련된 주제를 선정하여 특별기획전을 개최하고 있다.
한국 서양의학의 발상지인 제중원을 이은 연세대학교 의과대학에 소속된 의학전문박물관으로서 특히 한국 서양의학 관련 자료의 집중적인 수집, 연구, 전시 활동을 통해 전문 연구자뿐만 아니라 일반인에게 한국의학의 역사를 접할 수 있는 기회를 제공하고 있다.