한의학 기반의 원천기술연구와 과학화·표준화 연구, 그리고 기초이론 및 임상연구를 수행하고 있다. 과학기술정보통신부 국가과학기술연구회(NST) 산하의 연구기관이다.
한의학, 한방의료 및 한약의 육성·발전에 관한 사항을 전문적이고 체계적으로 연구함으로써 국민보건향상에 기여하며, 더 나아가 한의학의 세계화를 통해 인류건강에 이바지한다.
1994년 10월 한국한의학연구소법에 따라 한국한의학연구소가 설립되었고, 1997년 한국한의학연구원으로 개칭했다. 1999년 ‘정부출연 연구기관 등의 설립운영 및 육성 등에 관한 법률’이 제정됨에 따라 국무총리실 산업기술연구회 소속이 되었으며, 2004년 대전 대덕연구단지에 입주했다. 2006년 과학기술부 기초기술연구회로 소속이 변경되었고, 2008년 교육과학기술부 기초기술연구회 소관이었다. 2013년 미래창조과학부 기초기술연구회에 소속되었다가 2014년에 미래창조과학부 국가과학기술연구회로 변경되었다. 2017년에 과학기술정보통신부 국가과학기술연구회 소관이 되어 현재에 이르고 있다.
연구원은 한의학의 과학화 및 원천기술개발과 한의인프라에 기반한 공공지원을 주된 기능으로 삼고 있다. 이를 위해 한의학 전통이론의 과학화, 한방 진단·진료기술의 표준화, 한약 평가 및 한약제제 개발, 한의학 기반 융합기술개발 추진과 함께 한의학 학술정보 서비스, 한의학 정책 수립지원, 한약 안정성 검사 및 인증 서비스, 한의 연구개발 인프라 구축 등을 추진하고 있다.
조직으로는 원장, 부원장, 연구총괄부장 아래 한의기반연구부, 임상연구부, 한의약융합연구부, 미병연구단 등이 있다.
한의학 및 한약의 육성·발전에 필요한 연구개발의 핵심 기관의 역할을 담당하면서 한의학의 과학화·표준화를 강화함으로써 전통의학을 보편화하고 새로운 성장 산업으로 이끌어 낼 수 있는 기반을 구축하였다.