1964년 당시 서울시 남녀 중학교 입학시험은 공동출제위원회가 출제하였는데, 자연 과목의 18번 문항에서 문제가 발생한 것이다. 엿을 만드는 순서를 차례대로 적어 놓은 후, 세 번째 과정에서 엿기름 대신 넣어도 좋은 것은 무엇인지를 물으며 4개의 답을 제시하였다.
원래 공동출제위원회에서 마련한 정답은 ①번 '디아스타제'였으나, 당시 교과서에 침과 무즙에도 디아스타제 성분이 들어 있다는 내용이 있었고, 문항의 질문 자체도 엿기름의 성분을 묻는 것이 아니고 엿기름 대신 넣어도 좋은 것을 물었기 때문에 ④번 ‘무즙’으로 선택한 학생의 학부모들이 항의를 하면서 사태가 시작되었다.
당시는 입시경쟁이 매우 치열하여 1점 차로 당락이 나뉘는 상황이었다. 학부모의 항의와 언론의 논란이 계속되었고, 정답이 몇 차례 번복되었다. 이 과정에서 김원규 교육감이 “만약 무즙으로 엿이 된다면 자연 18번 때문에 떨어진 수험생은 구제하겠다.”고 언약했다고 주장하는 학부모들이 직접 솥에 엿을 만들어 가져와 항의를 하는 소동이 벌어지기도 하였다.
이후 이 사태는 법정 소송으로 이어졌다. 경기중학교에 응시했다가 0.6점 차이로 낙방한 학생이 경기중학교 교장을 상대로 '입학시험 합격자 확인의 행정소송'을 서울고등법원에 냈고, 법원의 판결로 불합격 수험생 모두 구제받게 되었다.
그러나 이 과정을 틈 타 이 문제와 관련이 없는 청와대비서관 등 사회지도층 인사들의 자제들까지 부정 입학을 한 사실이 발각되었고, 청와대비서관, 문교부 차관, 서울시 교육감 등이 책임을 지고 물러났다.
무즙파동 사건과 1968년 중학교 입학시험에서의 세칭 ‘창칼파동’으로 입시 출제방식의 논의를 불러왔고, 1969학년도부터 무시험 추첨에 의한 중학교 입시제도가 서울에서 채택되었다.