새얼학교는 지난 1958년 4월 사회복지법인 주내자육원으로 설립 인가되었다. 1978년에는 지적장애인 의료시설로 인가되었으며, 1984년에는 새얼 특수학교(초등 12학급)로 인가되어 초대 심의갑 교장이 취임하면서 새얼 특수학교로 개교되었다. 그리고 그 다음해인 1985년에는 중학부(6학급)가, 1988년에는 고등부가, 1996년에는 전공과와 유치부가 설립인가 되었다. 그 후 1986년에는 새얼학교로 교명이 변경 되었다.
교훈은 ‘서로 사랑하며 바르게 행동하고 튼튼하게 자라자’이다. 본교는 푸른 꿈과 높은 기상 그리고 한결같은 마음을 상징하는 전나무를 교목으로 하고 교화는 사랑을 의미하는 장미를 교화로 삼고 있다. 교육목표는 ‘몸과 마음이 건강한 사람’, ‘서로 도우며 함께 살아가는 사람’, ‘능력과 소질을 계발하는 사람’, ‘건전한 취미로 여가를 선용하는 사람’, ‘장애를 극복하고 자립능력을 키워가는 사람’이다.
학습 자료실, 건강증진을 위한 관리프로그램을 운영하고 있으며 특히 기초체력 증진학생 중심의 창의성교육 실천, 다양한 문화 활동을 통한 개성 및 소질계발 현장 중심의 직업교육과정운영 진로 및 전환교육의 강화 지역사회와의 협력 체제를 통한 평생교육을 실시하고 있다.
미래지향적인 인간과 자연이 함께 더불어 살아가는 사회를 만들기 위하여 자연친화적인 교육환경을 강조하고 있으며, 특히 학생중심의 탄력적인 교육과정운영으로 사회적응 능력과 개성 신장 교육을 강화하고 있다. 지역사회 여건 및 특성을 고려한 직업지도 강화 및 현장실습 지도로 취업 및 추수지도에 역점을 두고 있다.
저탄소 녹색성장교육, 건강한 생활인, 아름다운 학교가 될 수 있도록 체험중심의 인성교육을 강화하고 있으며, 주기적으로 실시하는 문화체험 활동, 건강관리 프로그램을 통한 기초체력 증진, 산학협력을 통한 현장중심 직업교육과정 운영 등으로 학생들의 직업진로교육과 건강한 생활에 중점을 두고 있다.