1907년 7월 헤이그 밀사사건을 빌미로 고종을 퇴위시킨 일본은 '한일협약(3차)'을 강요하여 일본인이 한국 정부의 주요 관직을 차지하도록 하면서 한국 정부의 각 부서를 자신의 의도에 따라 개편하는 작업을 진행하였다. 이에 따라 1908년 1월부터 지방행정 기구와는 별도의 기구인 ‘재무서’를 신설하여 ‘재무감독국’의 감독 하에 해당 지역의 세무와 재무를 담당하도록 하였다. 이 결과 서울·평양·대구·전주·원산 등 5개소에 ‘재무감독국’이 설치되고, 그 밑에 231개소의 ‘재무서’가 신설되었다. 재무서의 관할구역은 이후 여러 차례 변경되었다. 재무감독국장은 모두 일본인이었고, 재무서장도 대부분 일본인이 임명되었다.
‘재무서’는 ‘재무감독국’의 지휘 감독을 받아 해당 지역의 세무와 재무를 담당하는 기구였으므로 ‘재무서’의 설치는 일반 행정 기구와 세무·재무 기구가 완전히 분리되는 한편, 일본인들이 세무·재무 기구를 직접 장악하는 결과를 낳았다. 이전에는 한국인 관리들이 ‘관세관’으로서 세무·재무 업무를 담당하고, 일본인으로 구성된 ‘재정고문부’ 또는 ‘통감부 재정감사청’에서 이를 통제·감독하는 이중적인 체제로 되어 있었는데, 이제 이를 신설되는 ‘재무감독국’과 ‘재무서’로 통합함으로써 일본인 관리들이 조선의 재정을 일원적으로 장악할 수 있게 되었다.
이후 1910년 8월 조선은 일본의 식민지가 되고, 더 이상 조선의 정부는 존재하지 않게 되었다. 이에 ‘재무감독국’과 ‘재무서’도 폐지되고, 그 업무는 지방 각 부·군 등 지방행정 기구로 넘어가게 되었다.