대한불교조계종 제23교구의 본사이다. 창건자 및 창건연대는 미상이나 조선 숙종 때 제주목사였던 이형상(李衡祥)이 제주에 잡신이 많다 하여 많은 사당과 함께 사찰 500동을 폐사시켰을 때 폐허가 되었다.
현재의 관음사는 1909년 봄 비구니 봉려관(蓬廬觀)이 창건한 것이다. 봉려관은 제주도 사람으로 1901년 비양도(飛揚島)로 가는 길에 우연히 풍랑을 만나 사경에 이르렀을 때 관음보살의 신력으로 살아나게 되자, 1907년 비구니가 되었다.
1908년 제주도로 돌아와 4월 경찬재(慶讚齋)를 열었다. 이후 주민들이 반대하여 죽이려 하므로 한라산으로 피신했다가, 1909년 봄 한라산에 관음사를 창건하였다.
1910년 용화사(龍華寺)에서 불상과 탱화를 모셔와 관음사에 봉안하였다. 1949년 1월 제주4·3항쟁으로 전소되었고, 1968년 중창하였다.
현존하는 당우로는 대웅전을 비롯하여 종루·산신각·불이문(不二門)·대방(大房) 등이 있다. 현재 이 절은 조계종의 본사로서 제주도의 말사 약 30여 개를 관장하고 있다.