금강사지는 2001년 9월 29일 사적으로 지정되었다. 남북 약 150m, 동서 약 170m의 네모난 구획을 이루었으며, 총면적은 약 7,800평(약 26,000㎡)에 달한다.
금강사의 창건 연대 및 창건자는 미상이나, 출토된 유물이나 가람 주1로 보아 백제시대에 창건된 사찰로 보고 있다. 절에 관한 문헌상의 기록은 보이지 않고 있지만, 절터에서 출토된 암키와 조각에 ‘金剛寺(금강사)’라는 주2이 새겨져 있었으므로 현재의 위치를 금강사지라고 불렀다.
이 폐사지는 1964년과 1965년의 두 차례에 걸친 발굴 주3에서 가람의 규모와 배치가 확인되었고, 그 결과 창건 이후 세 차례에 걸친 주5가 이루어졌으며, 중수 때마다 주4들이 약간의 이동은 있었으나 큰 변화가 없었음이 밝혀졌다.
가람의 배치는 주6 동서 선상에 당전(堂殿)이 배치되고 있어 다른 백제시대의 사지들과는 이례적인 배치를 취하고 있다. 건물 기단은 목탑지를 제외하고는 전부가 단층 기단이었으며, 금당지는 주7 · 면석 · 주8을 구비하고 네 귀에는 주9를 세웠다. 또한, 지대석에 연결된 지표면에는 돌아가면서 주10을 깔았는데, 포석이 기단에서 발견된 예로는 최초의 것이다.
금당 규모는 남북의 길이가 약 19.1m, 동서의 길이가 약 13.9m에 달한다. 금당지의 동쪽에 있는 목탑지 중심에는 심초석(心礎石)이 있는데, 가운데에 구멍이 있다. 강당지는 남북의 길이가 약 45.5m, 동서의 길이가 약 19.1m이며, 강당 좌우 측면에는 주11이 접속되어 있었고, 후면 중앙부에서는 뒤쪽에 위치했던 주13과의 사이를 연결하는 행랑지가 발견되었다.
중문은 탑지 동쪽에 있었고, 중문의 좌우도 회랑으로 연결되어 있었다. 유물로는 백제 때의 연화문 주12와 서까래 끌개를 비롯하여 신라시대 및 고려시대의 암막새 등이 많이 출토되었다.
한편 1960년대 부여 지역 폐사지에서 ‘금강사건국오년(金剛寺建國五年)’이란 연대가 적힌 옥으로 만들어진 책문인 「예불대참회문」이 출토되었다고 한다. ‘건국’은 연호로 추정되지만 지금까지 사례가 없고 ‘건설불국토’의 줄임말로 보기도 한다. 한편 후백제 건국 5년을 기념하여 만든 주14일 수도 있다.