1798년 불회사(佛會寺) 대법당 상량문과 불회사 대용문(大用門) 상량문에 의하면, 백제 불교의 주1 마라난타가 동진 태화 원년에 절을 창건했다고 나와 있지만 믿기 어렵다. 마라난타는 호승 출신의 동진 승려로 384년(침류왕 원년) 백제에 불교를 전한 인물이다. 384년은 침류왕의 아버지 근구수왕의 상장례 기간이기도 했다. 사신과 함께 온 마라난타가 백제의 서울 한성에 와서 문상을 하기 전 다른 곳에 들러 절을 세웠을 가능성은 적다. 불회사의 오랜 역사를 강조하기 위해 백제에 불교를 전한 마라난타에 갖다 붙인 것으로 추정된다. 또한 상량문의 태화 원년은 태화 9년을 잘못 쓴 것으로, 구(九)를 원(元)으로 잘못 쓰는 사례가 종종 있다. 여러 가지 정황상 창건 연대를 고려시대 이전으로 올려보기는 힘들다.
불회사의 국가 유산은 보물로 18세기 말에 중건된 불회사 대웅전(佛會寺 大雄殿), 나주 불회사 건칠 비로자나불 좌상(羅州 佛會寺 乾漆 毘盧遮▽那佛 坐像)이 있다. 국가민속문화재로 나주 불회사 석장승(羅州 佛會寺 石장승)이 있다. 전라남도 유형문화재로 나주 불회사 원진국사 부도(羅州 佛會寺 圓眞國師 浮屠), 나주 불회사 소조 보살 입상(羅州 佛會寺 塑造 菩薩 立像) 등이 있다.
보통 절의 오랜 역사를 강조하기 위해 신라의 원효나 의상을 창건주로 내세우는데, 백제의 마라난타를 내세운 점이 특별하다. 인도에 유학 다녀온 겸익(謙益)의 불교 전통이 백제 불교에 남아 있는 것으로 보인다.