불갑사에서 간행한 『백제불교의 초전법륜성지 영강 불갑사(불갑사의 연혁)』(1988)란 책에 의하면 마라난타가 이 절을 창건했다고 한다. 마라난타는 주1 출신의 주2 승려로 384년 백제에 불교를 전한 인물이다. 그러나 실제로 마라난타가 백제의 서울인 한성에 들어오기 전에 영광에 들러 불갑사를 창건했을 가능성은 적어 보인다.
마라난타의 다른 이름이 행사존자(行士尊者)로 알려져 있는데 이는 당나라의 승려 행사(行思)가 잘못 알려진 것이다. 일설에는 불갑사를 행은(行恩)이 세웠다고 하는데, 이 또한 행사(行思)에서 잘못 따온 이름이다. 한편, 불갑사가 소재한 영광(靈光)이란 지명을 깨달음의 신령한 빛으로 풀이하는데 영광은 신라 때의 무령(武靈)을 고려 초에 바꾼 지명이기 때문에 백제 때 불갑사와 관련이 없다.
1608년경 수은 강항(姜沆)이 쓴 『불갑사중수권시문』에는 불갑사의 주3 시기는 알 수 없지만 법당 수리 시 ‘정원원년개조(貞元元年改造)’라는 묵서명이 나왔다는 주4을 싣고 있다. 이때 ‘정원’은 당나라 주5의 연호로 정원 원년은 785년 신라 주6 원년이다. 반계 유형원의 『 동국여지지』(1656)에도 불갑사의 창건을 신라시대라고 했다.
불갑사의 창건 연대는 정확히 알 수 없다. 다만 마라난타가 384년 불갑사를 창건했을 가능성은 없다. 아무리 올려 잡아도 겸익이 인도에서 귀국한 526년 이후가 될 것이다. 불갑사는 통일신라, 고려, 조선을 거쳐 현재까지 존재하고 있으며, 이는 여러 기록을 통해 확인할 수 있다. 불갑사가 최초로 등장하는 믿을 만한 기록은 고려 말 문인 이달충(?~1385)이 1359년 주7 『진각국사비명』이다. 현재 불갑사에는 그 탑비가 남아 있다. 조선시대 『 신증동국여지승람』에도 불갑사가 나온다.
현재 남아 있는 불갑사의 중요 국가 유산에는 영광 불갑사 대웅전, 불갑사 목조삼세불좌상, 영광 불갑사 불복장 전적, 영광 불갑사 목조사천왕상 및 복장 전적 등이 있다.
불갑사의 창건 설화(호승 출신의 마라난타가 불갑사를 창건했을 가능성은 적다.)나 인도에 유학 갔다 귀국한 겸익을 통해 백제 불교가 인도와 밀접한 관련을 가졌음을 짐작해 볼 수 있다.