1985년 보물로 지정되었다. 정면 3칸, 측면 3칸의 겹처마 팔작지붕건물. 잡석을 2단으로 쌓은 기단 위에 원형 주춧돌을 놓고 배흘림을 한 원기둥을 세워 기초를 마련하였다.
창방 위로 평평한 평방을 두르고 포작(包作)을 싸올렸는데, 공포(栱包)는 다포계(多包系)이며 안팎의 출목(出目)이 각각 3출목, 2출목이다. 화려하게 무늬와 조각을 베풀어 조선 후기 불전의 특징을 잘 보여주고 있다.
정면 3칸에는 칸마다 3짝 꽃살문을 달았고, 동쪽 벽에도 3칸 모두에 문을 달아 출입할 수 있게 꾸몄다. 사전(寺傳)에 의하면, 내부에는 서쪽에 4개의 고주(高柱)를 세우고 여기에 불단(佛壇)을 배풀었는데, 1869년(고종 6)에 지금처럼 건물 중앙으로 불단을 옮겨 남향하도록 배치하였음을 알 수 있다.
건물 내부의 서쪽에 불단을 두어 본존불(本尊佛)이 동향(東向)을 하도록 한 예로는 부석사 무량수전을 들 수 있다. 한편, 불갑사 중수권시문(重修勸施文)에 의하면, 불갑사는 785년(원성왕 1)에 중창되었다고 하며, 조선시대에 들어와서 정유재란 때에 사역이 폐허로 되었다가 선조·현종·숙종대를 거치면서 여러 차례 복원하였다고 한다.
대웅전의 기와 가운데 ‘乾隆二十九年(건륭 29년)’이라고 쓴 것이 발견되어서 이 건물이 1764년(영조 40)에 중수되었으며, 이 때 불갑사 전체가 크게 다시 지어졌다고 여겨진다.