1946년 3월, 「군정법령」제64호로써 군정청 기구의 국(局)을 부(部)로 개칭하면서 군정청 기구가 대체로 확립되고, 이를 전후하여 각 부처장에는 한국인이 채용되어 한미 양부처장제를 실시하였다. 그 해 9월 미군정 당국은 부장회의 석상에서 군정장관 러치(Lerche, A. L.)의 특별발표를 통해, 군정하의 행정권을 한국인에게 이양하겠다는 의사를 표시하였다.
이 발표에서 미국인은 고문으로 남아 부결권만 행사하며, 종래 한미 양국어로 사용하던 문서는 한국어만을 사용하도록 하는 조처가 단행되었다. 이 원칙에 따라 1947년 2월 한국인 부처장을 통괄하는 민정장관에 안재홍(安在鴻)을 임명하였다.
이로써 군정 2년을 맞이하게 되었고, 1946년 12월에는 김규식(金奎植)을 의장으로 하는 관선 45명, 민선 45명의 의원으로 구성된 남조선과도입법의원을 창설하여, 당면한 제반 법령을 한국인들의 손으로 제정하도록 하였다. 이로써 사법부 대법원장에 김용무(金用茂)와 아울러 미군정이 이른바 입법·사법·행정의 삼권분립을 갖춘 통치기관이 성립된 셈이었다.
1947년 5월 「군정법령」제141호에 의한 38선 이남 지역의 입법·행정·사법 각 부문의 재조선미군정청한국인기관(在朝鮮美軍政廳韓國人機關)을 남조선과도정부라고 부르기로 함으로써 형식적으로는 미군정이 점차로 이양되는 절차를 밟았으나, 실권은 거부권을 가진 미국인 고문에게 여전히 남아 있었다. 그리하여 과도정부는 기구개혁위원회를 설치하여, 현실적인 기구개혁안을 작성하고 이를 실시하였다.
한편 7월에는 당시 미국에 있던 개화운동의 선구자인 서재필(徐載弼)을 한미인최고의정관(韓美人最高議政官)으로 맞이하여 군정의 고문을 담당하게 함으로써, 이른바 군정의 조선인화에 더욱 진전을 보게 되었다.
남조선과도정부의 기구로는 종래의 13국 6처를 13부 6처로 하는 동시에, 인사위원회와 중앙경제위원회를 신설하였다. 그 동안 군정장관도 경질되어 1946년 12월에는 소장 아놀드(Arnold, A. V.)의 뒤를 이어 소장 러치가, 1947년 10월에는 러치의 사망으로 소장 딘(Dean, W. F.)이 뒤를 이었다. 과도정부는 1948년 8월 대한민국 정부가 수립됨과 동시에 자동 소멸되었다.