본관은 사천(泗川). 자는 행지(行之), 호는 남간(南磵). 목세칭(睦世稱)의 증손으로, 할아버지는 이조참판 목첨(睦詹)이고, 아버지는 호조참판 목장흠(睦長欽)이며, 어머니는 군자감주부(軍資監主簿) 남위(南瑋)의 딸이다. 작은 아버지인 공조참의 목대흠(睦大欽)에게 입양되었다.
1630년(인조 8) 진사가 되고, 1633년 식년 문과에 갑과로 급제하여 성균관전적(成均館典籍)·예조좌랑 겸 기사관(禮曹佐郞兼記事官)·지제교(知製敎)로 국사편찬에 참여하였다.
그 뒤 병조좌랑을 거쳐, 경기도도사로 병자호란에 공을 세우고, 이어 수찬(修撰)·지평(持平)·헌납(獻納)을 거쳐, 1645년 교리·이조좌랑을 역임하였다.
1649년 사은사(謝恩使)의 서장관으로 청나라에 다녀온 뒤 대사성·대사간·승지·예조참의 등을 거쳐, 1653년(효종 4) 황해도관찰사가 되고, 이듬해 정언(正言), 1655년 승지가 되었다.