본관은 남평(南平). 자는 여화(汝華). 문익점(文益漸)의 후손으로, 아버지는 문재도(文載道)이다.
어려서부터 글 솜씨가 뛰어났고, 안방준(安邦俊)의 문하에서 수학하였다. 일찍이 과거를 보기 위하여 서울에 올라왔다가 성리학의 깊은 이치를 듣고는 미련 없이 벼슬을 단념하고 귀향하였다.
천황대(天皇臺)에 태고정(太古亭)을 짓고 거주하면서 풍류를 즐겼다. 이보다 앞서 1636년 병자호란이 일어나자 의병을 규합하여 안방준을 따라 나갔으나 여산(礪山)에 이르러 인조가 남한산성에서 항복하였다는 소식을 듣고 통탄하며 되돌아왔다. 좌의정 민정중(閔鼎重)이 문희순의 학문이 높음을 들어 벼슬하기를 권하였으나 그 뜻을 움직이지 못하였다.